丝状真菌基因组DNA的提取.doc

1. 打开ClustalX软件（对序列进行比对），点击“文件”“载入序列”；点击“比对” “输出格式选项” “phylip格式”前打勾；点击“比对” “完全比对”；比对完成后，关闭程序，并将生成的带.phy后缀的文件拷贝至phylip软件包的“exe”文件夹下。2. 打开seqboot软件，按照路径输入所拷贝的“.phy”文件，回车3. 输入“r”，回车输入1000，回车输入“y”，回车输入“5”，回车出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序，完成seqboot（上图中的J选项代表评估方法，默认为bootstrap法进行评估，可更改选项；R选项默认多少次，输入1000表示共进行1000次的republicate）。自动生成文件“outfile”，可用记事本打开。4. 将刚刚生成的outfile文件更名为infile1，打开dnadist软件（采用邻位相连算法构建进化树，如采用其他算法，则用其他软件），按照路径输入文件名infile1，回车5. 输入t，回车输入20，回车输入m，回车输入d，回车输入1000，回车输入y，回车等待……等待……等待……时间长度视序列多寡长短及重复数多寡而不等，直到出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序（D选项为距离模式，默认为F84；T选项为点突变的“转换/颠换比率”，通常在15～30之间；M选项采用和原来一样的重复数；输入d，采用data sets）。自动生成文件outfile。6. 将outfile重命名为infile2，打开neighnor软件（采用邻位算法），按照路径输入infile2，回车7. 输入选项m，回车输入1000，回车输入奇数5，回车输入y，回车等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个文件outfile和outtree。Outfile是分析结果的输出报告，可用记事本打开，outtree可用treeview打开。8. 将outfile更名为outfile1，outtree文件更名为intree1，打开consense软件，按照路径输入intree1，回车9. 输入y，回车等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个新文件outfile和outtree。Outtree就是最终结果，可用treeview软件打开观看丝状真菌基因组DNA的提取（CTAB法）— 取幼嫩的菌丝体，用液氮研成粉末，每 0.8 g 装入 10 mL 的离心管中；— 预热 1.5×CTAB 到 95 ，加 2 mL 到装有菌丝粉末的离心管中，混匀；— 立即置于 65 水浴 30 min，每分钟，上下颠倒 1 次；— 12000 g 离心 5 分钟；—? ? ? ? 吸取上清液，加等体积的氯仿，上下颠倒数次；12000 g 离心 5 分钟；—? ? ? ? 吸取上清液，加等体积的酚，上下颠倒数次；12000 g 离心 5 分钟；—? ? ? ? 吸取上清液，加等体积的氯仿，上下颠倒数次；12000 g 离心 5 分钟；— 取上清，加入 2 倍体积的无水乙醇和 1/10 体积的 10 M NH4Ac，混匀，室温放置 10 min；— 12000 g 离心 10 分钟，去上清，用 75% 乙醇洗沉淀，自然干燥；— 加 100uL 的 TE 或无菌水。楼主，我也是做真菌转化的，有好的东西一起分享哈O(_∩)O~ 中文有很多呀，微生物学报，菌物学报，微生物通报等！英文的有：Mycotaxon（0.5左右）、studies in mycology（9.03左右）详见如下：/sci2010/smallclass/真菌学.htmlITS区域，内转录区间，是一段比较保守的区域，长度一般为700~800bp。一般PCR得到的ITS区域，测得序列在NCBI上BLAST后一般可以确定到属一级，但是一般应辅助以形态学鉴定才较为可靠。用不用载体 取决于你的实验室 得到纯化后的真菌遗传指针信息 然后送交测序公司即可(但是像上海生工这样的公司 会要求你的DNA 的浓度为OD260/OD280到1.8至2.0 而且要你提供引物 如果是经典的比如18S等的 则不要 否则经常会测不出信号 如果实验室钱多 那就送到TaKaRa 日本人的服务很全面 而且质量可靠 但是价钱奇贵)? ?如果你们实验室做载体连接比较多 那就连个载体 再送出去测序 同样也要提供引物 但这样的话 可能会便宜一点 但是这样就将测序的一部分风险转嫁到你自己的因素上了 所以 这完全取决于你的选择了 祝你好运不用连接，让测序公司电泳回收，直接把PCR产物送测，省