生工复习资料.doc

1.注册号为XP_001918319的序列来自于什么生物？是DNA、RNA还是蛋白质？由多少个碱基或氨基酸组成？分子是线形还是环状？GI号多少？ 答：Equus caballus (horse) 蛋白质 1730 aa linear 194213952 2.想查找植物抗性基因相关的文献，以“resistant gene”为检索词，加引号和不加引号得到的结果是否相同？为什么？两种检索中，Pubmed数据库中满足条件的记录分别为多少条？ 答：不同。不加引号时只要两个词都出现即可，可以是分别单独出现；加引号要求两个词以词组形式一起出现。不加引号时，有49108条，加引号时有473条。 3.用Blastn程序进行序列对位排列分析时，是用核酸还是用蛋白质有哪些信誉好的足球投注网站核苷酸数据库？有哪些信誉好的足球投注网站时能不能用原始序列进行有哪些信誉好的足球投注网站？用基因Z83834进行Blastn有哪些信誉好的足球投注网站时，应选用数据库？241985883。 4.两条序列的对位排列（BLAST 2 sequences）能充分发掘两条序列的同源区段，请以U72725为Query Sequence、U37133为Subject Sequence进行对位排列分析，找出同源区段，并绘图。 答：有3个同源区段: Query 4771-5158 6205-7386 7670-8033 Subject 1-397 1519-2679 3515-3878 如图： 5. 结合生物信息学的知识，谈谈如何利用序列对位排列分析进行DNA序列延长（电子PCR）？ 答：以DNA为例，将新得到的DNA进行blastn有哪些信誉好的足球投注网站，若检索结果中有相似程度非常高的序列，则可以认为查询到的序列是新得到序列的另一个区段，从而进行合并排列，即可得到延长的序列，再用延长后的序列重复上述操作，就可得到更长的延长序列。 1.以“XM_001918284”为关键词进行Entrez检索，结果显示该序列来自于什么物种？是DNA还是RNA？由多少碱基组成？分子是线形还是环状？编码区是？ 答：Equus caballus (horse) mRNA 5367 bp linear 175-5367 2.想查找植物抗性基因相关的信息，以“plant resistant gene”为检索词，加引号和不加引号得到的结果是否相同？为什么？两种检索中，Nucletide数据库中满足条件的记录分别为多少条？ 答：不同。不加引号时只要三个词都出现即可，可以是分别单独出现；加引号要求三个词以词组形式一起出现。不加引号时，有1825条，加引号时没有满足要求的记录。 3.用Blast程序进行序列对位排列分析时，是用核酸还是用蛋白质有哪些信誉好的足球投注网站核苷酸数据库？有哪些信誉好的足球投注网站时能不能用原始序列进行有哪些信誉好的足球投注网站？用基因Z83834进行Blast有哪些信誉好的足球投注网站时，应选用数据库Triticum aestivum (bread wheat)？ 4. PSI-BLAST在什么情况下使用能发挥其长处？为什么PSI-BLAST (Position Specific Iterated BLAST)在进行多次循环检索后会出现大量假阳性？ 答：在blastp检索得到的同源序列较少时，可以进行PSI- BLAST（迭代有哪些信誉好的足球投注网站），从而获得更多的同源序列以供参考。PSI- BLAST在进行多次循环检索后会出现大量假阳性原因是：如果查询序列A有两个区段，第一次查询找到序列B，B与A有一部分同源，再以B为查询序列是找到的序列C虽然与B有同源序列，但是与A已没有了任何同源性，即C为假阳性，如果再以C为查询序列，则得到的序列将出现大量假阳性。 5. 结合生物信息学的方法，谈谈如何对一条新获得的序列进行定位？ 答：利用STS数据库进行序列定位：将得到的新序列进行blastn有哪些信誉好的足球投注网站，对应的数据库选择为STS数据库，如果有哪些信誉好的足球投注网站到同源序列，则可以通过STS中序列的位置推断该序列的位点。 如果STS中找不到同源序列，则可以在基因组数据库或者核苷酸数据库中进行blastn有哪些信誉好的足球投注网站，看找到的同源序列能否提供序列定位信息。 1. 三大核苷酸数据库分别是？最常用的蛋白质数据库是由EBI (European Bioinformatics Institute)创建的哪个数据库？生物信息学的数据库是否包括文献数据库？NCBI的文献数据库是？(10分) 三大核苷酸数据库分别是GenBank、EMBL核苷酸数据库、DDBJ（3分）。最常用的蛋白质数据库是由EBI创建的UniProtKB（3分）。生物信息学的数据库包括文献数据库（2分）。NCBI的文献数据库是Pubmed（2分）。 2. 想查找抗基因相关的文献，以“resistant gene”为检索词，加引号和不加引号得到的结果是否相同？为什么？ (10分) 不同（2分）。不加引号时只要两个词都出现即