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用ClustalX做多序列比对分析
用ClustalX做多序列比对分析图示
1、打开程序
如下图所示:
2、Load Sequnce, 载入序列
如下图所示:
fasta格式的文件关键不在于文件名的后缀是什么,而是在于序列的格式。fasta的格式是:1、第一行以开头,紧接着序列的注释和描述。2、第二行是纯序列atgcg....其他序列再起一行,如此下去就可以了。如:seq1 |this is a exampleatgattggaacttgacgt....seq2 |this is another examplettgagttgaccgtgacgtgag.....
3、选择序列文件,FASTA格式的
如下图所示:
4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容,这里用的是记事本,推荐用EditPlus或者Ultraedit
如下图所示:
5、序列Load进去之后
如下图所示:
6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可,无须修改比对参数
如下图所示:
7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框,.dnd的是输出的指导树文件,.aln的是序列比对结果,它们都是纯文本文件
如下图所示:
点“ALIGN”之后开始等待,如果序列不多,很快就可以算完,如果数据很多,可能要等一段时间,这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏,那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息,看看可以消磨时间。。。
8、比对结束之后,我们可以看到这个结果
如下图所示:
9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件,仍然用文本编辑器打开来看,这时.aln文件,这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析
如下图所示:
10、这是.dnd文件(指导树)
如下图所示:
11、可以用Treeview打开dnd文件,看上去就像这样子
如下图所示:
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