甲基化试题答案.doc

一，判断： 1，表观遗传学epigenetics）是与遗传学相对应的概念。遗传学是指基于基因序列改变所致基因表达水平变化，如基因突变、基因杂合丢失和微卫星不稳定等；而表观遗传学则是指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化，如DNA甲基化和表观遗传学表观遗传学 3，哺乳动物DNA甲基化发生在CpG岛的胞嘧啶。 正确。而且很多文献宣称：哺乳动物DNA甲基化“只”发生在CpG岛的胞嘧啶。这个我不太确定，所以把“只”去掉了。 4，通常，基因启动子区域高甲基化则该基因表达受到激活。（ ） 错误。通常高甲基化会抑制表达。 5，如果重亚硫酸盐修饰不充分，则部分应该转变为U的非甲基化C没有转变，后续的检测分析有可能把它判断为甲基化的C，这就造成了假阳性。 正确。 6，甲基化特异性PCR（MSP）是一种定性的检测手段，可以定量判断目DNA的片段甲基化程度。 错误。MSP本身就是定性检测手段，它是以最终甲基化引物扩增有没有条带判断有没有甲基化，只能得到“有”或者“无”两种结果。MSP本身不能定量检测甲基化程度，即便增加重复也没有意义。 7，设计MSP引物时，甲基化引物应该对应至少一个CpG。（） 正确。非甲基化引物不含CpG，甲基化引物应该对应至少一个CpG，一般会包含2-4个，并且保证3’端有一个。 8，重亚硫酸盐PCR测序（BSP）和甲基化特异性PCR（MSP）从原理到前期操作都基本一致，只是PCR引物设计上，BSP引物应该按照一般引物设计原则，严格按照目的片段序列设计。 错误。MSP与BSP没有太大区别，两者设计引物都要依据重亚硫酸盐修饰之后的序列设计。区别于MSP引物包括甲基化引物和非甲基化引物两对，BSP引物只有一对，是否包含CpG都可以，这个要根据实际情况来定。 二，单项选择 1，如果希望从基因组水平了解甲基化信息，以下方法不适合的是： A 甲基化特异性PCR（MSP）。 B 甲基化芯片。 C 重亚硫酸盐修饰结合深度测序。 D 甲基化免疫共沉淀（MeDIP）结合深度测序。 A，MSP每次只能检测一个基因，无法达到基因组水平。而其他方法都可以，而且都有实际应用。 2，如果希望对单一样本定量检测目的基因甲基化程度，以下方法中相对最不适合的是： A 甲基化特异性荧光定量PCR（Methylight）。 B 甲基化特异性PCR（MSP）。 C 重亚硫酸盐PCR测序（BSP） D 甲基化敏感性单核苷酸引物延伸。 B，MSP无法定量检测，其他方法都可以。个人以为，Methylight更适合定量检测，不过前提是要保证甲基化引物可以扩增；BSP从定量角度不如Methylight，但是不一定需要甲基化引物扩增阳性；甲基化敏感性单核苷酸引物延伸最大问题是，由于这个技术没有扩增，所以需要样品DNA量要大得多。 3，如果不知道样品DNA序列，则以下方法中无法使用的是： A 甲基化免疫共沉淀（MeDIP）。 B 甲基化敏感性限制性内切酶酶切。 C 甲基化特异性PCR（MSP）。 D 甲基化敏感性单链构象分析。 C，MSP引物设计需要针对目的DNA序列。其他几种不需要DNA序列，他们都可以作为寻找新甲基化位点的方法。个人以为MeDIP发展前景很好，另外两者有些过时。 4，选定以下序列对应DNA设计MSP引物，不考虑退火温度，高级结构等因素，只考虑序列匹配原则，下列选项中可以作为甲基化引物（u primer，正向）的是： 选定序列：CAGAGGGCTGGGGCGGACCG A CAGAGGGCTGGGGTGGACTG B TAGAGGGTTGGGGTGGATTG C CAGAGGGCTGGGGCGGACCG D TAGAGGGTTGGGGCGGATCG D，原则上，甲基化引物应该是CpG的C不变，其他的C变成T。 5，用于甲基化检测的临床样品通常是血液，组织液等体液样本，这些样品中要检测的目的DNA片段（甲基化DNA）一般被认为是由肿瘤细胞破裂释放出来的，所以目的DNA是以较低的丰度混杂在大量正常细胞的DNA（非甲基化DNA）之中。为了能检测低浓度，低丰度的目的片段，就需要检测方法具备较高的检测灵敏度和一定的扩增能力。下列方法中，相对更适合的方法是： A 甲基化特异性PCR（MSP）。 B 甲基化芯片。 C 甲基化敏感性限制性内切酶酶切。 D 甲基化免疫共沉淀（MeDIP）。 A，MSP的确具备较高的检测灵敏度和一定的扩增能力，比较适合上述检测。另外其他几种都是不适合的，一是没有扩增所以需要样本DNA量很大，二是低丰度甲基化会被正常非甲基化背景掩盖。另外几种相对适用于样本DNA量较