RibosomalproteinL11基因和蛋白质序列的生物信息学解说.doc

Ribosomal protein L11基因和蛋白质序列的生物信息学分析 1、前言 从20世纪80年代探索核糖体的结晶开始，在1980年，Yonath 研究组报道了Bacillusstearothermophilus(现称为 Geobacillusstearothermophilus，嗜热脂肪地芽孢杆菌)核糖体50 S亚基的结晶。1987年他们又报道了可以衍射到6?分辨率的50 S 亚基晶体。同年，另一个研究组报道了30 S 和 70 S 的 Thermus thermophilus 核糖体的结晶，而 Yonath 研究组也大约在同时报道了T. thermophilus 核 糖 体 的 结 晶。1991 年，Yonath 研究组首先得到了高分辨率的核糖体晶体——3.0?分辨率的 Haloarcula marismortui 核糖体50 S 亚基晶体。20世纪90代以来一系列大分子晶体学技术方面的进展为核糖体结构解析提供了重要的基础。例如，在液氮温度下收集衍射数据极大地提高了核糖体抗辐射性能，而核糖体也是最早应用这一技术的晶体。1991 年，Yonath 研究组报道了在3?分辨率下对 H. marismortui 核糖体 50 S 亚基的结构尝试性初步分析，这是这个领域里的一个重要突破。2000 年，一系列高分辨率核糖体晶体结构被发表。Steitz 研究组报道了H. marismortui核糖体50S亚基的2.4?分辨率结构，Ramakrishnan 研究组报道了T. thermophilus核糖体30 S亚基的3.0?分辨率结构，而Yonath研究组也报道了同一个分子的3.3?分辨率结构。2005 年，美国加州大学的一个研究组报道了大肠杆菌核糖体全分子 (70 S)的3.5?分辨率结构。这些高分辨率的晶体结构为核糖体酶学机理的研究提供了坚实的基础. 2、数据来源和分析方法 ribosomal protein L11 [Mucilaginibacter paludis DSM 18603] GenBank: EHQ28438.1 Identical Proteins FASTA Graphics Go to: LOCUS EHQ28438 146 aa linear BCT 18-MAR-2015 DEFINITION ribosomal protein L11 [Mucilaginibacter paludis DSM 18603]. ACCESSION EHQ28438 VERSION EHQ28438.1 GI:373892541 DBLINK BioProject: PRJNA43733 BioSample: SAMDBSOURCE accession CM001403.1 KEYWORDS . SOURCE Mucilaginibacter paludis DSM 18603 ORGANISM Mucilaginibacter paludis DSM 18603 Bacteria; Bacteroidetes; Sphingobacteriia; Sphingobacteriales; Sphingobacteriaceae; Mucilaginibacter. REFERENCE 1 (residues 1 to 146) AUTHORS Lucas,S., Han,J., Lapidus,A., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Peters,L., Kyrpides,N., Mavromatis,K., Ivanova,N., Mikhailova,N., Held,B., Detter,J.C., Tapia,R., Han,C., Land,M., Hauser,L., Markowitz,V., Cheng,J.-F., Hugenholtz,P., Woyke,T., Wu,D., Tindall,B., Brambilla,E., Klenk,H.-P. and Eisen,J.A. CONSRTM US DOE Joint Genome Institute (JGI-PGF) TITLE The permanent draft genome of Mucilaginibacter paludis DSM 18603 JOURNAL