MS问题集锦.doc

新手求答：1.一步计算完成后，有两个文件.xtd和.xsd。再继续下一步计算，在哪个文件上进行操作呢？2.到最终运算结束，分析文件的时候，要分析哪个文件呢？.xtd还是.xsd的，还是分析不同的参数要选不同的文件呢？ 1、一般xtd里全选，复制，新建xsd，粘贴出来即可；或者导入table取总能量最低的2、除非分析性质随时间变化，一般就用xsd分析 xtd是轨迹文件，xsd是结构文件，下一步的计算一般选xsd文件，计算结束后分析不同的参数需要选不同的文件。Error calculate_finite_basis : Convergence failed when doing finite basis set correction这不提示了吗，应该是基组精度选择不合理 改变一下参数也许能收敛，提高截止能量，降低一下K点或精度 使用doml3计算磁性时，设置自旋多重度，发现Multiplicity: Select the multiplicity from the dropdown list to perform a calculation on a specific spin state. Available options are:AutoSingletDoubletTripletQuartetQuintetSextetSeptetOctet最高只能设到8。是吗？input文件中可以修改设到更高的多重度吗?有的文献的多重度可达到11。这是怎么回事？use formal spin的那个勾是表示使用formal spin作为初试自旋，而每个原子的formal spin是可以任意设置的。如果是采用formal spin达到目的，那么formal spin设置有什么限制没？根据什么规律设置？自旋多重度和总磁矩有关系吗？ 1 MS结构优化后的Optimization coverenge图中各线分别是什么意思？与结构优化之间的关系？2 xsd与xtd两个结构图，是xsd为优化后的结构吗？如果以优化后结构继续计算性质，是不是只要打开此文件再calculation？这三个在下面不是有说明吗？分别是能量变化，最大位移和最大力，当三者达到你设置的精度一下，就是分别低于相应的三条虚线时，scf完成2、对，xd是最后优化好的结构，xtd应该是动画那种，要计算性质，就打开xd文件calculation就ok了 不过从图的全貌来看，并不是三者都达到基线以下了啊？如位移，还在基线以上。基线的确定是什么标准呢？即纵坐标表达的含义，其标准的规定以什么为原则？从这个例子来看，似乎是以能量趋稳作为判断收敛的标准即可，不需要三者同时达到是吧？最后，这个标准是不是选择精度后就默认的，而不是自主规定？能不能自己规定，在哪里规定呢？ Dynamics calculation - Aborting dynamics.An unphysical integration step (100 Angstroms) has been detected.Try reducing the time step or relaxing the structure first. 感觉应该是初始结构不好吧，所以让你relaxing the structure first。可能某一步的位移有异常，或者你试试减小步长，增加精度 最近看到很多虫友提示gateway无法连接的问题，总结一下大致有两种情况：1、防火墙或者其他安全软件阻止gateway的启动，使gateway处于停止状态，从而导致gateway无法连接2、另外一个是gateway timeout 太小使得访问gateway太频繁而出现问题遇到上述第一种问题，可以尝试一下解决方法：首先从控制面板-管理工具-服务，然后查看MaterialsStudioGateway(18888)的状态，看一下gateway是否已启动，若停止，右键启动gateway，建议大家右键选择属性，修改启动类型为“自动”。有可能会出现不能启动的问题，查看一下360的云查杀，可能是gateway被列为可疑进程而被中止，把gateway添加到信任列表，再启动gateway就可以了。第二种问题可以通过 server console里面的设置增加gateway timeout来减小访问gateway频率补充一下：gateway必须在有网络连接的情况下才能启动，只要显示有连接就可以了 必须要有成功的output文件，选上所优化的结构，就可以view了有输出的以outmol为后缀的文件，在里面也可以查到电荷的密度，但就是没法view 用Dmol3做出来的吸附，可以对比吸附前后键能的变化 DMol3结构优化时能