含多个平面四配位碳原子的化合物的设计和稳定化.ppt

GaussView简介 GaussView与Gaussian GaussView是Gaussian软件的图形用户界面； GaussView与Gaussian GaussView 5.0完美的支持Gaussian09： 搭建或者导入分子结构，用以创建输入文件； 以图形化的方式自然直观的查看输出结果； 绘制各种图谱； 即时提交和监控计算（需要本机装有Gaussian软件） GaussView简介 本章提纲： GaussView 的窗口组成 GaussView鼠标键盘操作 构建工具面板【Builder】 文件工具栏【File】 坐标工具栏【Coordinates】 视图工具栏【View】 文件窗口工具栏【Windows】 计算工具栏【Calculate】 查看计算结果【Results】 GaussView 的窗口组成 独立工具条视图 GaussView 的窗口组成 主控窗口 含有菜单条和当前选择的分子碎片。 各类工具 默认时，位于主控窗口的菜单条下面。这些工具可以被 分开， 也可按要求重新排列在主控窗口内。 各类对话窗口 对应于 GaussView 的不同用途。 一个或多个分子模型视窗 控制程序功能的各类预置参数 点击【File】→【Preferences】 GaussView鼠标键盘操作 ﹡鼠标的操作 在窗口内任意位置点击鼠标左键并按住，此时移动鼠标，窗口内所有分子跟随转动。 在窗口内任意位置点击鼠标右键并按住 上下移动鼠标：分子会放大缩小 左右移动鼠标：分子沿垂直屏幕的轴转动。 在窗口内任意位置点击鼠标中键（或者滚轮）并按住，此时移动鼠标，屏幕内的所有分子将跟随平移。 使用滚轮前后滚动，当前窗口内分子放大缩小。 键盘与鼠标配合 当窗口中有多个分子, 只想转动或者移动其中一个分子, 按住键盘【Alt】键 用鼠标左键点击某个分子并按住，此时移动鼠标，只有被点击的分子会转动； 用鼠标中键（或滚轮）点击某个分子并按住，移动鼠标，只有被点击的分子会跟随鼠标移动 用鼠标右键分子点击某个分子并按住，左右移动鼠标，只有被点击的分子会沿一个垂直屏幕的轴转动； 如果鼠标没有中键/滚轮，或者使用中失效的处理： 按住【Alt】+【Shift】键，用鼠标左键点击你要转动的分子并按住，只有被点击的分子会跟随鼠标移动 练习1 使用刚才讲述的键盘鼠标操作知识将三个苯环摆到相互重叠的位置 调出独立的Builder面板 点击【View】菜单中的【Builder】即可调出独立的Builder面板，该面板是一个前置的面板，即始终显示在其它面板/窗口的上方，有利于全屏幕搭建分子时使用。 构建工具面板【Builder】 元素工具 工具栏“图钉” 环工具 常见分子片断和生物分子残基 自定义分子片断 键长、键角、二面角 图形显示中的化学键 优化完了，用GaussView打开，发现键断了或者键级变了怎么办？ 这是很正常的现象，图形界面中为了清晰显示，使用各种球棒模型来表示原子和化学键，用棒的多少表示键级，但真实的体系中只存在很小的原子核和它们周围相互重叠的电子云。 GaussView的显示也只是经验性的，不能因为GaussView显示了化学键就认为原子间成键，没有显示就认为没有成键。 建模时，你可以给离得很远的两个原子之间定义化学键，使它们一起移动，也可以移除离得很近的的两个原子之间定义的化学键来调整员之间的相对位置。 练习2 通过转动二面角将全重叠式丁烷转成全交叉式 Builder面板一些图标的意义 选择所有的原子 不选择任何原子 选择单个原子 选择多个原子 在质心添加一个原子/碎片 GaussView 5.0新增功能 例如, 在 C60 中所有原子的质心放置一个原子 GaussView的三个层次视图 分子集合-----分子模型-----模型视图 1. 分子集合（Molecular Group） 2. 分子模型（Molec