中国西门塔尔太行类群牛肉质性状与SLC27A1基因多态性关联分析.docVIP

中国西门塔尔太行类群牛肉质性状与SLC27A1基因多态性关联分析 　　摘要：为探索SLC27A1基因对牛肉质性状的影响，选取中国西门塔尔牛太行类群牛公牛、阉牛各20头为研究对象，采用PCR法分析SLC27A1的基因遗传多态性。检测到SNP位点为S5650：TC，该位点存在有3种基因型，其中CC基因型频率较高（62.5%），TT基因型频率最低（12.5%）。采用GLM对内质相关性状与SLC27A1基因进行关联分析，结果表明，剪切力、肉色a、肉色b表型中，CC与TT及CT与丌差异均极显著（P0.05），阉牛与公牛间对肉质的弹性与咀嚼性差异显著（PC位点突变对中国西门塔尔牛太行类群肉质性状存在一定的遗传效应， 　　关键词：SLC27A1基因；肉质性状；SNP；中国西门塔尔太行类群 　　SLC27A1（S0lute carrier family 27 member 1），又称作FATP（Fatty acid transpon pmteins），是脂肪酸运输蛋白家族成员，具有调节长链脂肪酸在机体局部和全身系统中新陈代谢的作用。提纯的SLC27A1具有类似乙酰辅酶A的活性，并通过催化机体内双层分子膜中的脂肪酸不断转化成脂肪酸乙酰辅酶A来加快脂肪酸的吸收。通过组织中SLC27A1的活化作用，可以促使胰岛素调控长链脂肪酸的摄入，且SLC27A1具有分配脂肪酸到机体各组织中的作用。SLC27A1基因敲除小鼠脂肪组织中的脂滴半径小于正常小鼠，且在低温环境下维持体温恒定的能力很差，这说明SLC27A1在运送长链脂肪酸通过质膜维持能量平衡、产生热量等生理过程中起着至关重要的作用，是脂肪代谢的重要调节因子。SLC27A1基因失活的小鼠可免受食源性肥胖的困扰。 　　Ordovas等为获得牛的SLC27A1的DNA片段，利用人类该基因的mRNA序列扩增了一段505bp牛的该基因片段并扫描了牛的BAC文库，得到了包含SLC27A1的BAC克隆，并将SLC27A1基因定位于染色体7q11-q12上，该基因有12个外显子，编码646个氨基酸，近年来已在7号染色体上发现了一些与脂肪代谢相关联的性状位点（QTL）。 　　本研究利用PCR测序技术针对西门塔尔太行类群杂交牛的SLC27A1基因进行扩增，采用测序技术进行基因型检测，将不同基因型与脂肪相关性状进行关联分析，以期找到与产奶性状相关的分子标记，以期为标记辅助选择在提高肉质性能上的应用提供理论依据。 　　1.材料与方法 　　1.1试验材料 　　1.1.1试验动物与屠宰检测 迅速取刚屠宰后的中国西门塔尔太行类群牛公牛、阉牛各20头，每头牛血3 mL，2mLACD抗凝，保温箱中带回，用于提取基因组DNA。取眼肌部位10 cm3肉送检。取眼肌肉与皮下脂肪各0.5 g，放入液氮冷冻后置于-80℃保存。 　　1.1.2引物 SLC27A1基因比较保守，不同物种间编码区差异较小，所以使用小鼠同源序列设计SLC27A1引物，其扩增片段信息及B-actin基因引物如表1所示，B-actin基因引物根据文献获得。 　　1.2SLC27A1基因型检测 　　1.2.1PCR扩增 PCR反应体系：在100uLEP管中加入10×PCR缓冲液2.0uL、2.5 mmol/L dNTP1.6uL、Tag DNA聚合酶1 U/uL、上下游引物各30ng、基因组DNA约100 ng、加去离子水至总反应体积20uL。反应程序为：94℃预变性5 min，35个循环（94℃变性30 s，59℃退火45 s，72℃延伸90 s），72℃延伸10 min，4℃保存。取2uLPCR产物与0，5uL溴酚蓝缓冲液混匀，0.8%琼脂糖凝胶，110 v电泳0.5 h后，紫外灯下观察有无扩增产物。 　　1.2.2PCR产物的回收测序 PCR产物用琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒纯化回收，将回收得到的PCR产物与pMDl9T-vector连接，经转化，摇菌，菌液送北京奥科生物有限公司进行测序，检测样品的SNP基因型。 　　1.3定量的方法及标准曲线的制作 　　1.3.1牛皮下脂肪RNA的提取 按照QIAGEN脂肪RNA提取试剂盒说明书步骤进行，采用Trizol一步法提取牛皮下脂肪与肌肉中总RNA。 　　1.3.2标准阳性质粒的制备、标准曲线的建立及定量PCR 将制备的阳性标准品质粒进行10倍梯度稀释，取1010至1038个稀释度作为标准模板，同时设阴性对照。PCR反应体系为：SYBR Green Master Mix 7.5uL，上游引物0.3uL，下游引物0.3uL，组织cDNA或B-actin质粒模板1.0uL，加无菌水至15uL。反应程序：95℃预变性30 s；95℃变性5 s，60℃退火15 s，72℃延伸20 s，共40个循环。