上机实习二：数据格式和数据转换(bioedit和readseq)范例.ppt

序列检索（NM_015013 ） Bioedit软件介绍和部分功能使用 序列格式转换 序列比对 上机实习 核酸序列的基本分析方法 序列检索 Bioedit软件介绍和部分功能使用 序列格式转换 序列比对 Bioedit软件介绍和部分功能使用 Bioedit软件的菜单 File：文件菜单 Edit：编辑菜单 Sequence: 序列菜单 Alignment： 排列菜单 View：视图菜单 Accessory Application：应用程序菜单 RNA：RNA序列分析菜单 World wide web：网络菜单 Options：选项菜单 Window：窗口菜单 Help：帮助菜单 Lasergene 分子量（molecular weight） 1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成 单链DNA（single strand DNA，ssDNA） 双链DNA（double strand DNA，dsDNA） 碱基组成（composition） 各种碱基数量 各种碱基比例 分析举例 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Nucleotide Composition” 文字分析结果和图形结果 2. 序列变换 AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGA 原始DNA序列 TTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCT 互补序列 （complement) AGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAA 反向序列 （reverse) TCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTT 反向互补序列 （reverse complement) AAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCACGAGA RNA序列 DNA－DNA序列之间变换 DNA－RNA序列之间变换 分析方法（举例） 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Complete”获得互补序列、“Nucleic Acid→Reverse Complete”获得反向互补序列、“Nucleic Acid→DNA-RNA”获得RNA序列 在“Edit”栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件 DNA－蛋白质序列之间变换 AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAG K N G H G S T R S E M N A R S H E 阅读框 1 K M A M G P H A V R * M L D L T R 阅读框 2 K W P W V H T Q * D E C * I S R 阅读框 3 分析方法－翻译全长DNA序列（举例1） 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Translate →Frame 1”获得氨基酸序列 分析结果 分析方法－翻译选择的DNA序列区段（举例2） 在SRS检索主页（http://srs.ebi.ac.uk）点击“Tools” 在Tool网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →Transeq”，点击“Launch” 在Transeq网页选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘贴序列 分析结果 分析方法－翻译选择的DNA序列区段，显示DNA和氨基酸序列（举例3） 在SRS检索主页（http://srs.ebi.ac.uk）点击“Tools” 在Tool网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →S