基因启动子序列的查找精要.ppt

一、基因序列查找 NCBI—选择“Gene”—输入基因的名字（eg.p53）--Search 基因序列查找 选择特定物种的p53基因—eg.TP53(human) 基因序列查找 获得TP53基因的详细信息：基因名称、全称、别名、类型等。 下拉获得更多详细信息 基因序列查找 基因组结构：不同版本中，此基因在染色体中的位置、转录方向等。 基因序列查找 基因组区域，转录，产出：p53基因在不同转录本中的信息—点击GenBank GenBank : 获得基因详细信息：位置、定义、登录号、版本、特征、碱基序列等。 基因序列查找 FASTA : 获得基因的全部序列（包括非转录区序列）。 启动子序列的查找 1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例） 查找P53的基因序列； 启动子序列的查找 1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例） 选择特定物种的P53基因，例如human. 启动子序列的查找 1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例） 获得human p53基因的详细信息 启动子序列的查找 2、确定此基因在染色体上的位置和转录方向（正向/反向）； 在染色体上的位置： Chromosome 17 - NC_000017.11 转录方向：从右向左，反向转录，说明启动子区与第一外显子区位于此段基因的右侧。 启动子序列的查找 3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 获得FASTA格式的序列信息，右侧为此段基因的长度：7668402-7687550bp. 启动子区位于基因5’端2000bp，即7687550-7689550bp 启动子序列的查找 3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 查找第一外显子的位置：在p53基因的详细信息页面中查找mRNA的详细信息，确定其在基因序列中的位置。 启动子序列的查找 3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面 启动子序列的查找 3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面，找到exon（第一外显子）的位置：1-174bp 启动子序列的查找 3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因FASTA信息的界面，确定第一外显子的长度： 第一外显子位于基因5’端1-174bp的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外显子位于启动子（ 7687550-7689550bp ）的左侧174bp：7687376--7687550bp； 第一外显子+启动子： 7687376--7689550bp 启动子序列的查找 4、下载启动子区与第一外显子区的序列； 数据保存为FASTA格式 启动子序列的查找 4、下载启动子区与第一外显子区的序列； 数据保存为FASTA格式，用word打开。 启动子序列的查找 4、下载启动子区与第一外显子区的序列； 去除序列中的段落标记：Word-查找替换-特殊格式-段落标记-全部替换