GCBI文献查询与基因分析解读.pptx

GCBI文献查询与基因分析 撰写者：成东林 上海其明信息技术有限公司 文献查询：/pubmed/ 基因查询：/gene/ miRNA查询：/ lncRNA查询：/ 样本查询：/gds/ IF查询：/sciif.asp 综合查询：/ 常用连接 论文举例 成文思路 确定方向 确定的方向 查询文献展开 不确定的因素 开展实验 文献查询 试试综合查询库/，更快、更简，更好的选择 NCBI：内容繁杂，头疼！！ Google学术：不翻墙上不去！！ 怎么解？ GCBI 查询关键词 Dendritic Cell differentiation and function lncRNA STAT3 RNAi Chip-seq RNA pulldown 获取相关文献及基因信息，整理科研思路 文献查询 文献查询 简单易用、一键式有哪些信誉好的足球投注网站 文献查询 输入关注基因，无效信息统统让道 文献查询 这么多有样本的文献，同时也是我关注的文献，这些样本能否为我所用？？ 我们一起来试一试！！ 关注文献中的样本处理 这篇文章我很关注，且有这么多的样本！对于我的研究很有帮助，要好好利用？ 这个编号好熟悉，去NCBI下数据！ 关注文献中的样本处理 你out了，GEO数据库下下来你能直接用吗？一堆原始数据看得懂吗？ 接下来看我的 关注文献中的样本处理 关注文献中的样本处理 发送到我的实验室去看看？ 实验室是什么？ 赶紧去注册一个账号玩玩吧！ 关注文献中的样本处理 看看它在实验室里能发生什么 GC-Lab ？ GC-Lab是什么? 对生物数据进行信息学解读，你可以在线自己操作的实验室 GC-Lab能做什么？ 设计具有可行性逻辑的思路 对样本数据进行分析，想怎么玩就这么玩 结果报告导出，为我所用 GC-Lab 数据处理中心 GC-lab怎么用？ 创建个人实验室、加入别人实验室 样本：nine human immune cell subsets (neutrophils, eosinophils, monocytes, B cells, NK cells, CD4 T cells, CD8 T cells, mDCs and pDCs) 目的：identify cell-type specific mRNA 检测平台：Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array GSE28490 结果 GC-Lab 分析思路设计 创建、编辑项目 GC-Lab 分析思路设计 简便的方案设计，一键运行 剩下的事交给实验室 差异及聚类结果 GC-Lab 分析思路设计 小case，添加两个节点轻松帮你解决！ 想看看差异表达基因参与那些功能、通路？ GC-Lab 本地数据上传 放心，让你数据挖掘不求人 文献数据处理了，我的实验室数据还在本地呢！！ 对已有检测样本数据 直接选择样本数据上传 实验数据 Science 高通量检测 14个样本HTA 2.0芯片 2个样本RNA-seq 检测数据都做了些什么？ 实验数据处理 样本编号 说明 GSM1308838 human_monocytes_0day in DC culture GSM1308839 human_cells_1day in DC culture GSM1308840 human_cells_2day in DC culture GSM1308841 human_cells_3day in DC culture GSM1308842 human_cells_5day in DC culture GSM1308843 human_dendritic cells_7day in DC culture GSM1308844 LV control_rep1 GSM1308845 LV control_rep2 GSM1308846 LV linc-DC RNAi_rep1 GSM1308847 LV linc-DC RNAi_rep2 GSM1308848 DMSO_rep1 GSM1308849 DMSO_rep2 GSM1308850 STAT3 inhibition _rep1 GSM1308851 STAT3 inhibition _rep2 验证样本 实验样本 数据利用 /： GCBI 科研工作者A：Science文章里检测了一大批样本， 但是只用到了差异分析，似乎有点可惜！ 科研工作者C：你们想些什么呢，你以为你想用就能用吗？ 科研工作者B：这些数据能为我所用吗？ 科研工作者：实验室我们可以随便用，看看去！ 到我的实验室去折腾折腾看看： GCBI Monocytes经过6个时间点分化为Dendritic Cell HTA 2.0 芯片检测，获得mRNA、lncRNA表达数据 可分析