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C3 生物資訊中心 Bioinformatics Center 實驗室主持人：楊永正 協同主持人：劉德明 壹、背景資料 一、設置緣由 世界性的人類基因體分析計畫（Human Genome Project）已於2000年完成初稿，而將在2003年全部完成。同時美國的癌症基因體分析計畫（Cancer Genome Anatomy Project）也繼默克表現序列標幟計畫〔Merck expressed sequence tag（EST）project〕之後，大量產生表現序列標幟序列。這兩個計畫雖未完成，目前卻已產生許多有用的資訊。誰能有效利用這些序列資訊，即能在未來生物科技上領先。基因體研究的特色是以巨量（high throughput）分析為手段，達到整體性 （global）分析的目標。而基因體序列的特徵是序列長、序列數目多，原始資料必須做許多前處理，才能找到相關。因此需要強大的計算能力、自動化分析工具、與使用方便的加值資料庫。建立核心實驗室，協助校內的生物資訊學研究是最有效率的方法。 核心實驗室的目標是「整合」、「比較」基因體、轉錄體與蛋白體資訊，以推廣「資訊驅動的生醫研究」。具體的工作除了網頁分析工具外，根據需求的急迫程度，分緊急與正常兩階段， 生物資訊學核心實驗室已建立下列技術 1. PC叢集：增加計算能力 2.資料庫：AceDB（有圖形界面）、SRS（可一次搜尋多個資料庫）、SQL 3.分析工具：基因體註解（處理C1定序核心實驗室所產生的序列資訊）、重複序列分析（開啟新的研究領域）、圖譜資訊收集〔與C1定序核心實驗室合作收集第四號染色體資訊與三千萬鹼基完稿序列之產生；與L1基因體定型（genotyping）實驗室合作，發展醫學應用〕。目前正與C2 基因表現核心實驗室合作，建立分析微陣列 (microarray) 分析所需的資料庫與分析工具。 分析平台簡介 EST 基因體初稿註解 基因體完稿註解 微陣列基因註解 微陣列數據初步分析 蛋白體分析 三、服務相關之研究發展 發展網格計算，工作流程自動化，邦聯式資料庫，知識管理系統，以整合、比較資訊，並減少使用者學習的門檻。建立加值資料庫，加速生物資訊學研究。請參閱 .tw/yang/talks/promote_binfo.htm 一、儀器 請參閱 .tw/core/equipments/index.html 生物資訊研究中心之電腦室放置PC叢集與其它電腦 三、人員 研究助理一人 (服務電話：2826-7000 * 5667；電子郵件：binfo@.tw) 參、常規服務 一、服務名稱 1. 推廣教育：全國性課程 .tw/bi/或 .tw/seed/)、核心實驗室推廣教育（.tw/core/courses/）校內課程(.tw/edu/) 2. 諮詢服務.tw/idg/ 3. 資源網頁：問題導向序列分析工具（.tw/post/）、.tw/proteome/) 4.資料庫：SRS（）5.分析工具：.tw/emboss/)，Jemboss (需在.tw上開設帳號)，…等 6.鏡相站BioMirror (.tw/) Ensembl (.tw:8080/) GeneCards (.tw/) Gene Ontology browser (.tw/go-bin/go.cgi) Genome browser (.tw/) Inpharmix’s StAT PDQ_MED (.tw/litanal/, can only be accessed from YMU’s IP – i.e. 140.129.*.*) KEGG (.tw:8090/kegg/kegg2.html) PredictProtein (.tw/tools/predictprotein/) PubGene (.tw/pubgene/) R-web (.tw/Rweb/) S-star (.tw/) UMLS (.tw/umls/) 7. 分析工具或加值資料庫 (* 需申請帳號使用) Cross-Hybridization Analysis Network of Gene Expression (CHANGE*，.tw/change/) Death-domain resource (DDR*，.tw/dd/) Microarray Annotation Program (MAP*，.tw/map/) Phylogenetic Analysis of Domains (PAD*，.tw/pad/) Putative ALternative Splicing database (PALS db，.tw/) 8. 分析平台簡介 基因