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分子诊断实验
实验一、真核细胞基因组DNA的提取-------外周血白细胞DNA的提取(NaI法)
一、实验目的:
了解和掌握从全血中提取DNA的方法等。
二、实验原理:
从全血制备白细胞DNA,采用NaI破核膜并有效解离DNA-蛋白质复物,使核酸处于易提取状态,再以氯仿/异戊醇抽提(蛋白质变性沉淀并溶解脂类,异戊醇可减少抽提过程中泡沫产生),离心后DNA存在于上层水相中,以异丙醇沉淀及洗涤DNA,即获得白细胞DNA。用此法提取的DNA可用于Southern Blot、PCR的模板。
实验用品:
四、实验步骤:
1、取外周抗凝血(全血)200ul+200ul 6M NaI振荡
2、加400ul氯仿- 异戊醇(体积比为24∶1)抽提5 min,13000rpm离心,10min
3、取上清,加200ul异丙醇,13000rpm离心,10min
4、弃上清,加 1ml 70%乙醇, 13000rpm离心,10min
5、弃上清,加20ulddH2O
五、实验结果及分析:
六、思考题:
采用NaI法提取外周血白细胞DNA的注意事项有哪些?
如:标本必须新鲜;器材应高压灭菌;弃异丙醇时动作邀请,忌甩干等
实验二、核酸的检测 (琼脂糖凝胶电泳)
一、实验目的:
学习琼脂糖凝胶电泳分离DNA的原理,掌握DNA电泳分析技术。
二、实验原理:
DNA分子带负电荷,在电场中受到电荷效应、分子筛效应向正极移动过程中,因DNA分子的大小及构象差别而呈现迁移位置上的差异,对于线形DNA分子,其电场中的迁移率与其分子量的绝对值成反比。电泳时加溴化乙锭(EB),其与DNA结合形成一种荧光络合物,在紫外照射下可产生桔红色的荧光,可用于检测DNA。
实验用品:
实验步骤:
凝胶的制备→胶板的制备→加样→电泳→观察和拍照。
1、琼脂糖凝胶板的制备:1g琼脂糖+50ml 电泳缓冲液,加热熔化均匀,冷却到60-70℃,加10ul EB 混合,倒入凝胶盒,厚3-5mm,插上点样梳,凝固后放入水平电泳槽,使电泳缓冲液淹没过胶1-2mm为止。
2、加样:取出点样梳,10ul样品+2ul(吸嘴一小滴)上样缓冲液,混合后取10ul加入点样孔。同时设立Marker(DNA分子量标准物)
3、电泳:60-90v,待溴酚蓝移至凝胶的2/3 距离时,停止电泳。
4、凝胶成像系统观察电泳结果。
五、实验结果及分析
1、画出电泳图。 2、简单说明分析。
实验三 质粒DNA的分离纯化-------碱裂解法提取质粒DNA
实验目的:
掌握碱裂解法提取质粒DNA的原理与方法,了解各种试剂的作用。
实验原理:
从细菌分离质粒DNA的方法都包含3个基本步骤:培养细菌使质粒扩增;收集和裂解细胞;分离和纯化质粒DNA。碱变性法抽提质粒是基于染色体DNA与质粒DNA的变性与复性的差异而达到分离目的。
将细菌悬浮于葡萄糖等渗液中,经EDTA、NaOH- SDS溶液处理,可破坏菌体细胞壁和细胞膜,使细胞崩解。
NaOH破坏核酸碱基对使氢键断裂,细菌染色体DNA和质粒DNA变性。
但质粒超螺旋共价闭合环状结构的两条互补链不会完全分离,所以当以pH4.8的KAc高盐缓冲液调节其pH至中性时,变性的质粒DNA又恢复到原来的构型,重新形成天然的超螺旋分子,并以溶解状态存在于液相中。
而线状染色体DNA片段难以复性,与不稳定的大分子RNA、蛋白质-SDS-细胞膜复合物缠绕附着在细胞壁碎片上,冰浴后易沉淀,可离心除去。
通过氯仿/异戊醇等有机溶剂除去蛋白质,再用乙醇等有机溶剂沉淀DNA,即得纯化的质粒DNA。
实验用品:
试剂: 溶液I(葡萄糖维持渗透压、Tris-HCl?维持pH?值、EDTA?抑制核酸酶)
50mmol/L葡萄糖 、25mmol/L?Tris.Cl(pH8.0) 、10mmol/LEDTA(pH8.0)
溶液Ⅱ(NaOH裂解细胞与核酸变性、SDS裂解细胞与蛋白质变性)
0.2mol/L?NaOH(临用前用10mol/L贮存液现用现稀释) 、1%SDS
溶液Ⅲ(乙酸钾置换钠离子、冰乙酸调节pH?值)
5mol/L乙酸钾?60ml、冰乙酸?11.5ml、水?28.5ml 异丙醇、无水乙醇、蒸馏水
四、实验步骤:
(一)细菌培养和收集
将含有质粒的Ecoli菌种接种在LB固体培养基(含50 μg/ml Amp)中,37oC培养12~24小时。用无菌牙签挑取单菌落接种到5ml LB液体培养基(含50μg/ml Amp)中,37 oC振荡培养约12小时至对数生长后期。
质粒D
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