STEM Short Time-series Expression Miner (v1.1) User Manual.pdf

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2017-04-06 发布于江苏
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STEM Short Time-series Expression Miner (v1.1) User Manual

STEM Short Time-series Expression Miner (v1.1) User Manual Jason Ernst (jernst@) Ziv Bar-Joseph Center for Automated Learning and Discovery School of Computer Science Carnegie Mellon University Contents 1 Introduction 1 1.1 STEM Clustering Method Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.2 Manual Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 2 Preliminaries 2 3 Input Interface 2 3.1 Expression Data Info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 3.2 Gene Annotation Info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3.3 Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 3.3.1 Filtering Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 3.3.2 Model Profile Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 3.3.3 Clustering Profiles Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 3.3.4 Gene Annotations Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 3.3.5 GO Analysis Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 4 Model Profiles Overview Interface 14 4.1 Main Gene Table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 4.2 Filtered Gene List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 4.3 Ordering Profiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 4.4 Ordering Clusters of Profiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 4.5 Zooming and Panning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 5 Model Profile Det