设计引物事例讲述.doc

Primer Premier 5.0 应用-设计4CL同源引物 自从1985年KarnyMullis发明了聚合酶链式反应以来,PCR技术已成为分子生物学研究中使用最多、最广泛的手段之一,而引物设计是PCR技术中至关重要的一环。使用不合适的PCR引物容易导致实验失败。现在PCR引物设计大都通过计算机软件进行。可以直接提交模板序列到特定网页,得到设计好的引物,也可以在本地计算机上运行引物设计专业软件。一般来说,专门进行PCR引物设计的专业软件功能更为强大, 但使用起来却不太容易。 1. PrimerPremier5. 0相关介绍 PrimerPremier5. 0用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计、评估的软件，也用于检验所设计引物的PCR扩增效率和特异性。Primer Premier 5·0作为当今引物设计的主流软件，有着操作简便、功能强大、成功率高等诸多优点。本文结合多位研究者的实验结果对运用Primer Premier 5·0软件设计引物的经验和教训进行探讨。 Primer 引物设计 Primer功能板块包括了设计引物的有哪些信誉好的足球投注网站引擎软件包含了强大的自动有哪些信誉好的足球投注网站法则只需要简单的操作就可以得到合适的引物PRIMER PREMIER也提供了人工控制有哪些信誉好的足球投注网站引擎的方法便于根据您的特殊要求制定标准输出的引物通过全面的即时分析工具计算出引物的多种参数和二级结构关键参数如Tm值GC含量和自由能G还能以图形显示还有另一个窗口来显示引物的比吸光度activity 单位nmoles/OD和ug/OD 及引物的分子量还可以将当前引物输入数据库打印或填写引物合成定购单。 为设计用于定点突变的引物该项功能板块也提供包括即使分析和限制性酶切位点分析的引物编辑工具您可以通过输入碱基或氨基酸残基来手动修改引物为分析多对反应引物如在复式及巢式PCR中使用function菜单下Multiplex/Nested选项，可以分析所有想用到的引物可以选择事先有哪些信誉好的足球投注网站的引物或手动添加引物软件提供将引物储存到数据库的功能也提供填写引物合成定购单的功能定购单上会自动填入引物序列和其他重要信息。 该项功能板块由以下部分组成 Preferences 参数设置窗口 Primer Premier 引物设计窗口 Edit Primer 引物编辑窗口 Search Criteria 有哪些信誉好的足球投注网站标准窗口 Search Parameter 有哪些信誉好的足球投注网站参数窗口 Search Results 有哪些信誉好的足球投注网站结果窗口 Database 引物数据库窗口 Multiplex/Nested Primer 复式及巢式PCR引物设计窗口 1.1Primer Premier 引物设计窗口 Primer Premier 引物设计窗口是分析引物的关键该窗口包括以下功能即点即选Direct。 1.2 Edit Primer 引物编辑窗口 Edit Primer 引物编辑窗口可以用来设计用于定点突变的引物或分析一条已有引物序列在windows系统或Power Mac的Command-X Command-C 及Command-V系统中您可以使用CTRL-X CTRL-C和CTRL-V快捷键来实施剪切拷贝和粘贴删除当前引物序列并从剪贴板上粘贴是分析一条已有引物的好方法进行粘贴时Paste 粘贴窗口会激活用以将引物序列转化为反向互补或反向互补形式您也可以手工键入引物序列一旦引物被编辑发生变化Analyze 按钮就可以使用点击Analyze 按钮即可分析编辑后的引物您可以修改实际序列或是翻译后的氨基酸残基如果您修改氨基酸残基相应位置可能出现多义密码子。 1.3Search Criteria 有哪些信誉好的足球投注网站标准窗口 根据PCR引物测序引物或杂交探针的不同要求选择不同的有哪些信誉好的足球投注网站标准是很有必要的PRIMER PREMIER 会根据您的选择来调整自动有哪些信誉好的足球投注网站的标准某些用以优化引物扩增能力的标准不一定也适合测序引物或杂交探针的设计这两者需要的是较高的退火温度因此当选择不同的有哪些信誉好的足球投注网站标准PRIMER PREMIER将对相关标准作出调整以适应不同的要求 1.4 Search Parameter Windows 有哪些信誉好的足球投注网站参数窗口 有哪些信誉好的足球投注网站可以使用其它的自动有哪些信誉好的足球投注网站方法或者手动有哪些信誉好的足球投注网站当希望有哪些信誉好的足球投注网站的引物不会与其它存在与反应中序列发生错配您可以在激活False Priming 选项后利用Files 按钮选择这些序列文件。 1.5 Search Results 有哪些信誉好的足球投注网站结果 当您点击有哪些信誉好的足球投注网站程序窗口的OK 按钮接受有哪些信誉好的足球投注网站结果后Search Results 有哪些信誉好的足球投注网站结果窗口将会打开它显示了有哪些信誉好的足球投注网站中找到的所有引物或引物对如果您选择了一条引物或一对引物对在PRIMER PREMIER窗口上将即时显示引物的分析结果与当前的序列配对的引物的位置和序列也会在Direct Select框上显示。 1.6 Database 引物数据库窗口 引物数据库