Clustalx 多重序列比对图解教程by_raindy.pdf

原 创 教 程 ， 转 载 请 保 留 作 者 信 息 Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy) 本人原创教程，转载请保留作者信息，谢谢！ 软件简介： CLUSTALX－是 CLUSTAL 多重序列比对程序的 Windows 版本。Clustal X 为进行多重序列和轮廓比 对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单 可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 主要功能： 你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序； 你可以选择序列子集进行比对； 你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中； 可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。 当前版本:2.0 PS：如果你是新手或喜欢中文界面，推荐使用本人汉化的 Clustalx 1.81 版 链接地址： /index.php?Go=Show::ListID=7435 (请完整复制) 应用：Clustalx 比对结果是构建系统发育树的前提 实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白 P8(AA 序列)为例 流程：载入序列―编辑序列―设置参数―完全比对―比对结果 1.载入序列：运行 ClustalX，主界面窗口如下所图（图 1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－ “Load Sequence”载入待比对的序列，如图 2 所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序 列(Replace existing sequences)，根据具体情形选择操作。 图 1 原 创 教 程 ， 转 载 请 保 留 作 者 信 息 图 2 图 3 2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有 Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、 原 创 教 程 ， 转 载 请 保 留 作 者 信 息 Search for string(有哪些信誉好的足球投注网站字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除 选定序列的空位)。 3.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。通常情况下，我们可以使用默认参数。比对参 数主要有六个，分别是 Reset New Gaps before Alignment(比对前重置新的空位参数)，Reset All Gaps before Alignment（比对前重置所有空位参数），Pairwise Alignment Parameters（两两序列比对参数）， Multiple Alignment Parameters（多重序列比对参数），Protein Gap Parameters（蛋白空位参数）， Secondary structure Parameters（二级结构参数），如图 4 所示： 图 4 修改参数只需点击相应标签，示例比对的是多序列比对，故可选择“Multiple Alignment Parameters” 弹出参数设置窗口，如图 5 所示： 4.完全比对：返回菜单栏选择“Complete Alignment”标签，此时会弹出输出文件路径的设置窗口， 设置 Guide Tree File（向导树或指导树文件）、Alignment File（比对文件）的保存位置（存放路径），点 击“Align”按钮程序自动开始序列的完全比对，比对所需时间因序列文件大小和长度、计算机性能而异， 如图 6-8 所示： 原 创 教 程 ， 转 载 请 保 留 作 者 信 息 图 5 图 6 原 创 教 程 ， 转 载 请 保 留 作 者 信 息 图 7 图 8 原 创 教 程 ， 转 载 请 保 留 作 者 信 息 当主界面的左下状态栏会提示“CLUSTAL-Alignment File created []”时说明比全完毕，这时文件保 存位置的目录下会生成生成两个文件，分别是*.aln 和*.dnd，aln 是序列比对的文件，可以进一步用于构 树系统发育树，dnd 是向导树文件（指导树），这两个文件可以用 Windows 系统中的“记事本”或第三 方程序“UltraEdit”等打开，如： 图 9 ALN 文件 图 10 dnd 文件 原 创 教 程 ， 转 载 请 保 留 作 者 信 息 5.后续分析： 1)Clustalx 比对生成的结果可读