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STRUCTURETOOLS
STRUCTURE :TOOLS PREDICTION
Zhu Hongwei, Cao Zhongzan, Ma Wenge, Zheng Aijuan
BriefBrief IntroductionIntroduction LOGOLOGO
蛋白质三维结构的可视化工具
? Swiss PDBViewer
? RasMol
? Cn3D
蛋白质三维结构预测
? 蛋白质结构解析(X-Ray,NMR)
? homology modeling:SWISS-MODEL
? Threading
? 结构预测相关程序及数据库
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Protein 3D Visualized Tools LOGOLOGO
??SwissSwiss PDBViewerPDBViewer
? 特点:界面友好、可同时分析几个PDB文件、可叠加起来
分析结构类似性…
? 可与Swiss-Model服务器连接,从软件直接连到Swiss-
Model服务器进行理论蛋白立体结构构建。
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Swiss PDBViewer LOGOLOGO
??SwissSwiss PDBViewerPDBViewer的主要功能的主要功能
? 1、分析蛋白特别是具??催化作用的酶的活化位点、抗原决定
簇位点、蛋白的金属结合位点及蛋白间的相互作用位点;
? 2、创建一个loop;
? 3、通过应用non-crystallographic symmetries工具从只含有一
个蛋白单体的pdb文件构建一个对称的聚合体;
? 4、构建晶胞图形;
? 5、构建电子密度图形;
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Swiss PDBViewer LOGOLOGO
? 6、分析一个人为突变或认为重建一个loop后可进行最小能
量优化;
? 7、将肽段或残基与电子云图谱进行匹配;
? 8、可以通过Swiss PDBViewer的“SwissModel”进行蛋白质
三维结构建模;
? 9、查看Phi/Psi数据;
? 10、超级移动(即类似于fit的叠合)。
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Swiss PDBViewer LOGOLOGO
? tips tricks
? OpenGL或POV-Ray程序也可以加工这些蛋白图形,使其
更加美观。
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RasMolRasMol LOGOLOGO
??RasMolRasMol
? RasMol读取PDB格式文件,显示生物大分子三维结构图像
的软件;
? 系统的要求很低,应用广,可由Unix、Windows及
Macintosh 平台支持运行。
? RasMol 最大的特点是界面简单,基本操作简单,运行非
常迅速。
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RasMolRasMol LOGOLOGO
? 在Unix系统下,可以直接用命令的方式,如 RasMol
1a4h.pdb
? help 主题,help 主题, 亚主题来获得帮助,键入
会得到一份完整的命令清单。
?
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