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-materialsstudio与castep快速入门
unit_MS_quick-start
打開 Materials Sautio,它會問是要開始一個新的 project 還是要打開一個前次的 project。如果是第一次用的話要選開啟新的 project ,如果一旦這樣回答的話,它還問你是什麼 project,那我們就給它一個 project 的名稱。我們現在要以氯化鈉為例,你可以給任何名稱,但是我現在要以 NaCl 為名稱。
一開始進來要先介紹幾個重要的視窗,它們關係到我們進行模擬計算時所會處理及操作到的對象。姑且可以分為這三類:一、進行計算的工作,己跑完的、正在跑的都算;二、計算工作總是有各有些不同的輸入與輸出檔案,我們經常會需要審視結果、修改輸出入的相關設定;三、材料的原子及電子結構 3D 模型帶有很多我們想要知道之關於這個材料的物性資料,例如晶體的晶胞邊長、原子的元素種類等等。從 Veiw 的 Explorer ,它有三個 Explorer,job Exploroer、project exploroer、property explorer 。
job explorer 的開???關是這樣按一次它就開起來。這個是你跑什麼 job 近端遠端它都可以顯示,跑完了沒有、要不要把它移除等等,在這邊都可以操作,有很多 job 的時候會很好用。project explorer 預設值是開著的,就是靠左邊垂直的這一塊,裡面對於跑 project 的相關物件,如文字輸出、3D結構等等都是在這裡選取,很像微軟視窗 (MS Windows) 裏頭的『檔案總管』。要做東西總是需要選取一個 job 相關的目錄等等,所以 job explorer 在操作上來講是很重要的。另外我也常常會打開的是 property explorer ,property explorer 在 MS 是新的東西,相對 Cerius2 而言是新的東西。在 Cerius2 裡如果你想要知道一些 3D 物件的屬性,像是鍵長、鍵角,晶胞內原子數,就要分別去打開一些相關的表單,它才會印給你看,然而初學者還得學會這些表單藏在那裏。但是現在新的 property explorer,你只要是3D物件有呈現的狀況之下,可以直接在上面顯現出來,這些待會都會有例子來為大家介紹。也就是說,這是一個非常方便的東西,你都不必記住要打開哪些選單你才可以看到它,各種可以看得見的特性還有可以改得到的選項通通都是在 property explorer。
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一個要跑 CASTEP 的方法,你首先要有晶胞,裡面建立原子結構,你可以透過 file == import 打開來進入 structure有內建的分類,然後裡面有選單,這個你可以得到,
我現在要示範的是你自己用手工輸入氯化鈉的晶體結構,首先的做法先打開 new document,有很多種類可以選,我們要選 3d atomistic document ,確定之後會給出一個空的3d 物件的工作稿,
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然後到 build 的地方按 crystal ,它所打開來的東西首先會要我輸入 space group ,跟據 icsd 上查到的是225 ,把 225 輸進去,把滑鼠在別的地方點一下它就會顯示出 225 的 fm-3m 結構。
option 裡面偶爾看一下是好,那這個地方目前沒有其它的option,接下來下一步到 lattice parameter ,裡面不能夠填的都灰色化,能填的在這邊,那它的a 是 5.64 ,所以把 5.64打進去,其實我已經可以 apply 了,apply 之後它就會做一個出來,那 option 後面其實可以不用管,其本上是預設就好,這裡的 option 是為了整個晶包在絕對坐標裡面排列成某個特定方向,這裡可以選,lattice option 這裡 orientation standard,一般而言預設的就可以了。
選單關起來,這裡我們已經有一個有空間群、有晶包邊長的 model ,再來我們要加入原子。從選單上有個 + ,然後有一顆藍色球,按下去,這就是加原子,
選擇我們要的原子 Na 然後名字它自己會補,abc它預設是用分數坐標 abc,我們看icsd告訴我們剛好是零,所以我就加上去,這是第一顆,
另外 cl 在icsd告訴我們是0.5 0.5 0.5 所以我們也把它加下去,當然我們已經在3d 的 model 裡面看到這個實在是非常像氯化鈉晶體,但是我們為了進一步確認的話很想要看一看某個表單白紙黑字告訴我們 NaCl 的比例相同,在這個情況下我們來到 property explore 的 filter ,filter 選單拉下來有 3D lattice , atom, 跟 symmetry system,
這個晶包裡面有什麼東西是屬於 symmetry system的,我
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