题目蛋白质替代模型的构建.PDFVIP

题 目 蛋白质替代模型的构建 专业方向 应用化学专业，化学生物学方向 指导教师及小组成员 李梦龙，方亚平 目的和要求 依据蛋白质的性质，基于化学计量学设计可行算法，构建蛋白质的替代模型， 并给予相应的评价标准。 参考资料 Tyndall,J.D.A., Pfeiffer,B., Abbenante,G. and Fairlie,D.P., Over One hundred peptide-activated G protein-coupled receptors recognize ligands with turn structure. Chem. Rev. 2005, 105, 793-826. Fanelli,F., De Benedetti,P.G., Computational modeling approaches to structure-function analysis of G protein-coupled receptors, Chem. Rev. 2005, 105, 3297-3351. Sarah F. T., Stephen M. B., and Eric E. N. Wavelet analysis of shoreline change on the Outer Banks of North Carolina: An example of complexity in the marine sciences,pnas, 2002,99, 2554–2560 Florencio P. and Michael J. E. S. , Automated prediction of protein function and detection of functional sites from structure, pnas, 2004,101,14754–14759 Edward M. M., Matteo P., Michael J. T.,Todd O. Y. David E,A combined algorithm for genomewide prediction of protein function,nature,1999,402,83-86 Krzysztof P., Takashi K. ,Tetsuya H.,Craig A. B.,Hiroyuki M. ,Brian A. F.et.al, Crystal Structure of Rhodopsin:A G Protein-Coupled Receptor,science,2000,289,739-745 实验路线方法 （1）用信息熵图对目标序列中的生物信息进行可视化处理，在消除“进化噪声” 的同时尽可能多的保留与研究目标有密切联系的生物信息。 （2）构建替代模型。根据GPCRs在与配体结合过程中所涉及的氨基酸各种参 数值，对常用的多种氨基酸参数进行筛选，计算出筛选出的各参数值对表征 GPCRs序列的贡献度，以此设置相应的权重值，提出一个准确表征GPCRs序列 的氨基酸替代模型。 （3） 模型的评价。根据其在结构与功能上的预测效果作出评价，从而选择合适 的氨基酸替代模型。 拟解决的关键问题及创新意义 1. 把信息科学中的先进思想与成熟的信号处理手段应用于 GPCR 家族的生物 数据，提供崭新的研究思路。 2. 替代模型对生物学功能具有高度重现性。 完成实验项目应具备的基础知识 生物化学，生物信息学，化学计量学基础，程序设计，数理统计 实验技能训练要点 提高英语文献阅读速度； 能在实验过程中发现具有科研价值的切入点，且有能力用程序实现自己的想 法。