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计算的简正振动模式出现在对话框上的格子里。有一个虚频率大约是-2000 cm-1。 点击虚频率，使其变亮。点击动画(Animation)按钮。 出现一个新的窗口，显示虚频的振动方式。 可用动画播放选择（options）来改变演示方式。 依据过渡态理论，虚频对应过渡态。双击－2037.15，可观察到过渡态的振动，出现TS-Mode-2036.xtd动画文件。同样可以看626频率的振动。 5. 精修过渡态 在前一个部分有哪些信誉好的足球投注网站到的过渡态将在本部分被精修。 从菜单中选择 File | Save Project ，然后 Window | Close All。关闭Vibrational Analysis 对话框。双击TS.xsd。 打开DMol3 Calculation 对话框，在Setup 标签栏里，把Task 换成TS Optimization。其他的设置不变，点击Run。 过渡态优化的任务被启动。 由于LST/QST/CG 优化后的过渡态的结构非常接近最后优化后的过渡态，所以计算任务在比较短的时间内就结束。 检查TS 优化的.outmol文件，搜寻出最后的总能量Eopt＝-153.759658Ha。 检查LST/QST/CG 优化后的过渡态的能量，TS.outmol文件显示·最后的总能量ELST＝ -153.7590999Ha。 对比ELST 、Eopt ELST＝ -153.7590999Ha， Eopt＝-153.759658Ha Eopt －ELST＝ -0.000558Ha ＝-0.35kcal/mol (转换因子1 hartree = 627.51 kcal /mol) 两种优化的能量的差别只有大约0.35kcal/ mol，因此优化后的能量势垒大约是49.83kcal/ mol. 反应物-153.8390666Ha 产物-153.8632724Ha 过渡态-153.7590999Ha 反应势垒 反应能 反应坐标 最后，可以观看反应模式的动画，这对应于在第四部分里描述的虚频率。结构变化很小，几乎看不出。 File | Save Project ， Window | Close All。 反应物 产物 过渡态(能量鞍点) 反应势垒 反应能 反应坐标 目的: 介绍如何使用 DMol3 和 Reaction Preview 工具进行过渡态有哪些信誉好的足球投注网站的计算。 对简 单反应，这种方法是有效的。模块: Materials Visualizer, DMol3前提: 用局域内坐标对固体进行结构优化。 用LST/QST 有哪些信誉好的足球投注网站过渡态 背景 对任何反应的势能面的探索都要求知道反应进程中每一步的结构和能量，或者动力学和热动力学的快照(snapshots)。特别重要的是决定反应速率的那一步，这通常需要找到那些难以捕获的过渡态结构。有一些方法对找到过渡态的结构是很有效果的，其中比较知名的就是线性同步度越(linear synchronous transit, LST)和二次同步度越(quadratic synchronous transit,QST)。 本例中，我们将介绍DMol 中的LST /QST 工具的使用，将会看到如何使用LST/QST 有哪些信誉好的足球投注网站乙烯醇转变为乙醛的H转移反应 的过渡态结构。 CH2CHOH → CH3CHO 本例包括以下内容： ?? 1. 建立一个计算模型 ?? 2. 优化分子结构 ?? 3.定义原子对 ?? 4.用LST/QST 的方法计算过渡态 ?? 5.优化过渡态结构 1.建立一个计算模型 选择 creating a new project，建立名为vinylOH 的project 。 在本单元中，你要在两个不同的3D Atomistic 界面中建立反应物和产物模型。第一步就是打开一个新的3D Atomistic界面，构建反应物乙烯醇(vinyl alcohol)。 点击工具栏里的New button，选择3D Atomistic。 在Sketch 工具条上，点击Sketch Atom 按钮 。 将鼠标移至3D Atomistic界面，连续点击三次鼠标，画三个连接的碳原子。按一下键盘上的ESC 键。 改为球棍显示 在3D Atomistic上 ，点击选择第三个C 原子。点击Modify Element 按钮上的选择箭头，选择氧元素。刚才被选的原子由碳原子变成了氧原子。 点击碳-碳键一次，选中。点击Sketch工具