LECTURE-5-种下数据分析方法选编.ppt

种下数据分析方法Data Analysis at Intraspecies Level;主要内容;1. 大进化与小进化的联系与区别;进化模式不同;种间树状进化 遗传分歧;研究内容的区别;研究方法的区别;Molecules and their useful ranges in phylogenetic relationships;2. 用于种下研究的分子标记和数据类型;分子标记;单核苷酸多态性SNP：single nucleotide polymorphisms ;微卫星Microsatellites;微卫星基因分型原理 Li (1998). ;随机扩增多态性DNA RAPD: randomly amplified polymorphic DNA;RAPD profile of DNA from 23 samples ;AFLP: amplified fragment length polymorphism;AFLP Gel;分子标记的性质;;基因型与基因分型（genotype and genotyping）;单倍型与单倍型分型haplotype and haplotyping;单倍型分型方法;二倍体标记的单倍型分型方法;单倍型块Haplotype Blocks;识别单倍型的意义;单倍型的起源与进化;3. 种下遗传多样性和分化参数及应用;物种遗传变异程度的度量;遗传多样性 ;等位基因丰富度的测量;Nei’s基因多样性参数（gene diversity statistics）;单倍体基因组的考虑 ;群体遗传分化的度量;Nei’s GST;Wright’s F-statistics;Wright’s F-statistics;Wright’s F-statistics;Wright’s F-statistics;Wright’s F-statistics;遗传距离的计算;1. Average number of pairwise nucleotide differences between seqs.;遗传数据的分析方法;遗传多样性的应用;一个典型的群体基因型数据的分析内容 ;4. 种下系统发育分析及应用;基因谱系Gene Genealogy;基因谱系构建;基因谱系与系统树;基因谱系;基因谱系;最小生成网络法;统计简约法TCS;中值连接法;最简约树联合法;基因谱系的应用 ;基因谱系应用的理论基础;判断群体分化;单倍型谱系与地理分布的关系;基因流估计;基因流估计;从基因谱系估计群口历史;5. 种界确定;种界确定问题;种界确定的分子方法分类;遗传距离与地理距离关联法;Good Wake的遗传距离法。(a)表示取样样本之间两两比较的遗传距离-地理距离散点图；(b)表示事先定义的两个子集A、B内部的拟合趋势线；(c)表示所有样本整体散点图的拟合趋势线。根据Good Wake的观点，子集A、B分别为独立的物种，整体取样包含多个物种。 ;绝对遗传距离法;Highton的遗传距离法。若结果只有黑线所表示的一个峰值，则所有取样样本是一个物种；而若结果如整个图所示的那样有两个峰值则表明取样样本不止包含一个物种。 ;重组域法（Field for Recombination, FFR） ;重组域方法。（a）表示使用单座位为物种定界，样本1、2、3、4、5属于同一物种，6、7、8属于另一物种。（b）表示联合考虑两个座位为物种定界，座位1划分出3个不同重组域，座位2也划分出3个不同重组域，但它们所划分的界限并非一致，综合分析这7个样本分属两个物种。 ;杂交带屏障法（Hybrid Zone Barrier, HZB） ;谱系排他性方法 ; 谱系排他性方法。f-k是一个排外分枝，可定义为一个物种。