linux操作基础及perl编程基础选编.pptx

Linux操作基础及perl编程基础;Linux的发行版;为什么要用Linux;BMK计算集群;远程登录;远程登录;远程登录;Linux文件系统;Home directory;Linux命令行;常用命令——ls(list);常用命令——文件移动;常用命令——文件移动;常用命令——目录操作;常用命令——文件查看;常用命令——统计命令;常用命令——进程控制;常用命令——更改文件属性;常用命令——压缩和解压缩;常用命令——特殊符号;常用命令——其他命令;常用命令——帮助;Perl语言简介;为什么生物信息学使用Perl;编程基础;输入输出,用文件句柄打开文件，用钻石操作符（’’）读入文本,用print 命令输出，注意文件读写完成后及时关闭句柄。 open (IN,”$fIn”) or die $!; my $a=IN; #默认每次读入一行 open (OUT,”$fOut”) or die $!; print OUT “$a\n”; # 将$a中的值输出到$fOut文件中 close (OUT); close (IN); ;条件判断和循环 If 判断 if (…) { ….. }else{ ….. } If ($a1){ $b=$a; } ;逻辑操作符，‘’、‘||’ if ($a2 $a =10){ $b=$a; } if ($a==1 || $b5){ $c=6; } 循环 While 是条件成立的时候执行 my $a=100; while（$a1）{ $a--; $hash{$a}=$a; } ;For 循环,乔装过的while循环。 for(my $i=1;$i10;$i++){ $array[$i]=$i; } 相当于以下代码。 my $i=1; While ($i10){ $array[$i]=$i; $i++; } ;foreach 循环，遍历数组。 foreach my $num (@num) { $all+=$num; } 将@num中的每个元素遍历一遍，并且累加到变量$all 中。;正则表达式，perl里面功能强大的一个工具，提供快速、灵活、可靠的字符串处理能力。通常用m// 进行匹配。 正则符号及函数 “ .“ 通配符，匹配除了换行符(\n)以外的任意单个字符, “ * ”匹配它前面的项目0次或多次，” + ”匹配它前面的项目1一次或多次。 eg： my $string=“TTAA\nGGCC”; my ($type)=$string=~m/(.*)/; $type 的值是“TTAA” ;tr///转换，对应字母一一转换 eg： my $seq=“ATGC”; $seq=~tr/ATGC/TACG/; $seq 现在是 “TACG”。 reverse 反向函数，可以用于取反向互补链 eg： $num=“12345”; $num=reverse $num; $num 现在是 “54321”。 length 取字符串长度，可用于求序列长度 eg： $seq=“TTTAG”; my $length=length $seq $length 值是5 ，即序列的长度。;split 函数 ，将字符串用特定符号打断 eg： my $seq=“TTGG\nGGCC\nGAAG\n”; my @lines=split /\n/,$seq; $lines[0] ----- TTGG $lines[1] ----- GGCC $lines[2] ----- GAAG my @bases=split //,$lines[0]; $bases[0] ----- T $bases[1] ----- T $bases[2] ----- G . . . .;Thanks！