基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析.pdf

第37卷 第2期 水生生物学报 Vol. 37, No.2 2013 年 3 月 ACTA HYDROBIOLOGICA SINICA Mar., 2 0 1 3 doi: 10.7541/2013.5 基于线粒体 Cytb 基因全序列的松江鲈 群体遗传结构分析 高天翔1 毕潇潇1 赵林林1 李创举2 (1. 中国海洋大学海洋生物多样性与进化研究所, 青岛 266003; 2. 中国水产科学院长江水产研究所, 荆州 434000) 摘要: 对松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)中国沿海 7 个群体和日本有明海群体的线粒体 Cytb 基因全序 列进行了测定、分析。结果显示: 47 个个体共检测到 31 个单倍型, 8 个群体均呈现出较高的单倍型多样性 (0.60—1.00)和较低的核苷酸多样性(0.0005—0.0041)的特点。AMOVA 分析结果及单倍型邻接关系树和单倍 型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两个世系, 而中国世系的 7 个群体未呈现出明显的地理遗传结 构。基于核苷酸 Kimura 双参数替代模型计算得出的中国和日本两个世系的净遗传距离, 再参照其他硬骨鱼 类线粒体 Cytb 基因 2%/Ma(百万年)的分歧速率, 推测松江鲈中日两个世系间分化时间约为 41 万年前。对中 国世系进行群体历史动态分析, 中性检验结果均为负值且显著, 核苷酸不配对分布呈单峰型, 表明松江鲈中 国世系曾发生过群体扩张, 其扩张时间大约为 12 万年前。 关键词: 松江鲈; Cytb 基因; 全序列; 遗传结构; 群体扩张 中图分类号: Q347 文献标识码: A 文章编号: 1000-3207(2013)02-0199-09 松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)隶属于 种红色名录。 鲉形目(Scorpaeniformes)、杜父鱼科(Cottidae)、松 江 线粒体 DNA(Mitochondrial DNA, mtDNA)结构 鲈属(Trachidermus), 俗称四鳃鲈、花鼓鱼、媳妇鱼 简单, 呈母性遗传, 进化速度快且不发生重组, 是 等。松江鲈是一年生肉食性降河洄游鱼类, 其营养 一种应用较广的分子标记, 其中一些基因已被广泛 价值和药用价值高[1], 与黄河鲤鱼、松花江鲑鱼、黑 用于鱼类群体遗传学和系统发育关系研究[5—7]。细胞 龙江兴凯湖鲌 并列为“中国四大淡水名鱼”。松 江 鲈 色素 b (Cytochrome b, Cytb)基因进化速度适中, 不 为西北太平洋所特有, 仅分布于中国、朝鲜半岛和 仅容易使用通用引物扩增和测序, 而且它还是 日本南部, 我国分布于黄渤海和东海沿岸以及沿岸 mtDNA 上唯一的结构和功能被了解的较为清楚的 诸河下游及河口[2, 3]。近年来, 由于工业有害污水及 蛋白编码基因[8, 9]。Cytb 被认为是了解种质资源状况 农药化肥等对江河口和沿海的严重污染, 松江鲈