pymol教程-09723.doc

》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23 山东大学 生命科学学院 lswang lab PAGE40 / NUMPAGES40 PyMOL用户指南 目录 鼠标操作入门  PAGEREF _Ref236193037 \h 4(这个数字是超链接，ctrl+左键) 启动 PAGEREF _Ref236193458 \h 4 通过鼠标 PAGEREF _Ref236193546 \h 4 通过命令行 PAGEREF _Ref236193552 \h 4 PyMOL窗口 PAGEREF _Ref236193558 \h 4 Virewer窗口 PAGEREF _Ref236194122 \h 4 外部GUI窗口 PAGEREF _Ref236194128 \h 5 下载PDB文件 PAGEREF _Ref236194133 \h 5 操控视图 PAGEREF _Ref236194137 \h 6 基本鼠标控制 PAGEREF _Ref236194142 \h 6 虚拟滚动球旋转 PAGEREF _Ref236194153 \h 7 移动截面 PAGEREF _Ref236194157 \h 7 改变旋转中心点 PAGEREF _Ref236194164 \h 8 简单回顾 PAGEREF _Ref236194168 \h 9 命令行操作入门 PAGEREF _Ref236193436 \h 9 记录结果 PAGEREF _Ref236194185 \h 9 载入数据 PAGEREF _Ref236194218 \h 9 操控对象（Object） PAGEREF _Ref236194222 \h 10 原子选择 PAGEREF _Ref236194232 \h 11 对象和选择的着色 PAGEREF _Ref236194236 \h 12 对象和选择的on/off PAGEREF _Ref236194239 \h 12 改变视点 PAGEREF _Ref236194244 \h 13 保存工作 PAGEREF _Ref236194248 \h 13 脚本和日志文件 PAGEREF _Ref236194253 \h 13 图像文件 PAGEREF _Ref236194260 \h 14 会话文件 PAGEREF _Ref236194268 \h 14 命令行快捷键 PAGEREF _Ref236194272 \h 14 用TAB键完成命令 PAGEREF _Ref236194292 \h 15 用TAB键完成文件名 PAGEREF _Ref236194298 \h 15 自动推理 PAGEREF _Ref236194302 \h 15 其他命令和帮助 PAGEREF _Ref236194306 \h 15 注：页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显示 命令句法和原子选择 PAGEREF _Ref236194370 \h 16 语法 PAGEREF _Ref236194380 \h 16 ???择表达 PAGEREF _Ref236194388 \h 16 原子选择命名 PAGEREF _Ref236194393 \h 16 单字选择符 属性选择符 PAGEREF _Ref236194416 \h 18 选择代数 PAGEREF _Ref236194420 \h 20 宏指令 PAGEREF _Ref236194427 \h 21 从PyMOL中读取Python  PAGEREF _Ref236194433 \h 22 卡通表示 PAGEREF _Ref236194476 \h 23 背景 PAGEREF _Ref236194479 \h 23 可达性 PAGEREF _Ref236194482 \h 23 美化和精确 PAGEREF _Ref236194487 \h 23 定制化 PAGEREF _Ref236194496 \h 25 卡通类型 PAGEREF _Ref236194513 \h 25 精美螺旋 PAGEREF _Ref236194509 \h 28 二级结构归属 PAGEREF _Ref2361