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系统进化树构建图文
实验三.系统发育分析软件的使用;分子系统发育分析;分子系统发育分析;;多序列比对（自动比对，手工校正）;1. 距离法 (distance）
适用序列有较高相似性时
2. 最大简约法 (maximum parsimony, MP)
适用序列有很高相似性时
3. 最大似然法 (maximum likelihood, ML)
可用于任何相关序列集合
1. 基于序列距离特征 2+3基于序列离散特征
计算速度：
距离法 最大简约法 最大似然法;系统发育树重建分析过程;系统发育树构建的相关软件;构建ＮＪ树，可以用PHYLIP或者MEGA
构建MP树，可以使用PHYLIP或者MEGA
构建ML树可以使用PHYML，速度快，同时构建ML树还可以用PHYLIP，
贝叶斯的算法以MrBayes为代表，不过速度比较慢
关于系统发育分析的更多知识请参阅：
/biology/bioinfo2/78842.shtml;实例讲解; 构建我们自己的Fasta 文件;实例讲解;实例讲解;实例讲解;点击 Do Complete Alignment,选择保存???径之后点击ALIGN，。;实例讲解;MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)
该软件是由Kumar等编写的进行分子进化遗传分析的免费软件包，能对DNA、mRNA、氨基酸序列及遗传距离进行系统发生分析。在建树方法上，提供了目前最常用的UPGMA，ML，NJ及MP法，对所获得树也可进自举值检验及标准误估计可靠性检验。
优点为：简单易用
必威体育精装版版本下载/地址为：http：/;实例讲解;实例讲解;;实例讲解;实例讲解;实例讲解;优化图标; ; ;Random number seed :进化树进行抽样时从第几棵树开始。;将抽样过得序列转换;;;;;
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