池蝶蚌线粒体基因组全序列分析.PDF

第38卷 第2期 水生生物学报 Vol. 38, No.2 2014 年 3 月 ACTA HYDROBIOLOGICA SINICA Mar., 2 0 1 4 doi: 10.7541/2014.46 池蝶蚌线粒体基因组全序列分析 盛军庆 林巧惠 王军花 彭 扣 洪一江 (南昌大学生命科学与食品工程学院, 南昌 330031) 摘要: 采用普通 PCR 扩增、SHOT-GUN 测序、软件拼接首次获得了池蝶蚌(Hyriopsis schlegelii)线粒体基因 组全序列。线粒体基因组全长为 15939 bp, 由 13 个蛋白质编码基因、22 个 tRNA 基因、2 个 SrRNA 基因和 28 个长度为 1—393 bp 的非编码区组成; 除 ND3-ND5、ND4L、ATP6、ATP8、COX1-COX3、tRNA-D、tRNA-H 之外, 其他大多数基因在 L 链编码。池蝶蚌线粒体全基因组序列、蛋白编码基因、tRNA 基因、rRNA 基因 及非编码区的 A+T 含量分别为 60.36%、59.84%、61.7%、60.23%及 62.5%, 与其他淡水蚌类一致, 均表现出 A+T 偏好性, 淡水蚌类线粒体基因组长度的差异主要表现在非编码区长度的差异。池蝶蚌 mtDNA 的 COX2-12SrRNA 区域基因排列存在差异, 是 ND3、tRNAHis、tRNAAla、tRNASer1、tRNASer2、tRNAGlu、ND2、 tRNAMet 8 个基因发生重组造成。22 个 tRNA 基因都具有典型的三叶草二级结构, tRNA-E 与 tRNA-W 间的 非编码区含有一个 ORF 区, 而控制区并未发现。从 GenBank 上下载的 14 种双壳纲贝类的 mtDNA 序列构建 的系统进化树, 显示池蝶蚌与三角帆蚌亲缘关系最近。研究结果为淡水珍珠蚌线粒体基因重排及进化特征提 供理论依据。 关键词: 池蝶蚌; 线粒体基因组; 序列分析; 基因重排 中图分类号: Q781 文献标识码: A 文章编号: 1000-3207(2014)02-0320-08 动物的线粒体基因是典型的母性遗传, 是研究 现象、碱基组成偏向性等问题, 本研究对池蝶蚌线粒 分子系统学的最佳靶序列。线粒体基因组全序列不但 体基因组全序列进行克隆与分析, 同时与已报道的 能对线粒体基因组结构及其物种的分子系统关系, 蚌(贝)类线粒体基因组进行比较分析, 为进一步认识 而且能对线粒体基因的种类和数量、基因重叠及重排 双壳贝类线粒体基因组的进化特征提供理论依据。 现象、遗传密码子进化、同义密码子使用、RN