第十章节微生物的分类-鉴定.ppt

第十章 微生物的分类和鉴定;;生物界的分类;★微生物分类学的三个任务：分类、鉴定及命名;第一节：通用分类单元 ;界 门 纲 目 科 属 种;种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。;新种（species nova，sp.nov或nov sp.）是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。当发现在按《国际命名法规》对它命名并在规定的学术刊物上发表时，应在其学名后附上“sp.nov”符号。在新种发表前，其模式菌株的培养物就应存放在一个永久性的可靠的菌种保藏机构中，并允许研究人员取得该菌种。 中国希瓦氏菌Shewanel lacinica sp.nov. （许玫英等，微生物学报，2004，44(5):561-566）;;学名—是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。 ①双名法： 学名=属名+种名加词+（首次定名人）+现定名人+定名年份;例：大肠埃希氏杆菌 Escherichia coli （Migula）Castellani et Chalmers 1919 金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus Rosenbach 1884;◆菌株名称——在种名后面自行加上数字、地名或符号等，如： Bacillus subtilis AS1.389 AS=Academia Sinica Bacillus subtilis BF7658 Clostridium acetobutylicum ATCC824 丙酮丁醇梭菌 ATCC＝American Type Culture Collection美国模式菌种保藏中心 ◆当文章中前面已出现过某学名时，后面的可将其属名缩写成1~3个字母。 如：Escherichia coli 可缩写成 E.coli Staphylococcus aureus可缩写成 S. aureus ②三名法：用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.，然后再附上亚种名称（斜排体）。 如： Bacillus thuringiensis subsp. galleria 苏云金芽孢杆菌腊螟亚种 ;第二节 微生物在生物界的地位 ;★从两界系统经历过三界系统、四界系统、五界系统甚至六界系统，最后又有了三原界（或三总界）系统。 ★传统的、为多数学者所接受的是1969年魏塔克（R.H.Whittaker）在《Science》上提出的五界学说，它以纵向显示从原核生物到真核单细胞生物再到真核多细胞生物的三大进化过程。;;1 Bergey氏原核生物分类系统纲要 《伯杰氏系统细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology);第四节：微生物分类鉴定的方法 ;一、微生物分类鉴定中的经典方法;形态学特征、;☆2、生理生化特征;常借助特异性的血清学反应来确定未知菌种、亚种或菌株。;3、微生物的快速鉴定和自动化分析 技术;API细菌数值鉴定系统 ‘Enterotube’系统 ‘Biolog’全自动和手动细菌鉴定系统;微生物鉴定系统及其反应原理 ;核酸的碱基组成和分子杂交;◆每个生物种都有特定的GC%范围，因此后者可以作为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25--75%，变化范围最大，因此更适合于细菌的分类鉴定。;◆GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作出鉴定，并可检验表型特征分类的合理性，从分子水平上判断物种的亲缘关系。;同一个种内的不同菌株G+C含量差别应在4～5%以下；同属不同种的差别应低于10～15%；G+C含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基本特征，它对于种、属甚至科的分类鉴定有重要意义。;(2) 核酸的分子杂交;2. 核酸分子杂交法;;RNA作为进化的指征;33;细胞化学成份用作鉴定指标;3．电子计算机在微生物学中的应用  　　计算机应用于微生物分类始于数值分类法(numerical taxonomy)。所谓数值分类法，是通过广泛比较分类单位的性状特征，然后计算它们之间的相似性，再根据相似性的数值划分类群的一种分类方法。;计算机在分类中的应用，除进行数值分类外，在生物分类的其他方面也发挥了巨大的作用， 如rRNA、DNA或蛋白质等序列资料的贮存、分析；制作各类生物分类资料的软件供个人或实验室随时检