VMD教程中文版.pdf

VMD 教程 简介： 这个教程为新用户介绍了 VMD 的用法。老用户也可以用本教程进一步熟悉程序的应 用，以更好地利用VMD 。本教程是针对VMD 1.8.3 设计的，需要约3 个小时来完成。 本教程新增的内容可用三个独立的单元讲解。第一个单元主要内容是分子图形表现方法 基础， 还会介绍制作形象逼真的图像要了解的知识。另外的两个单元是针对高级用户，介 绍了VMD 的脚本。尽管非技术性用户可以略去脚本的阅读，但是我们鼓励每个人都去试一 试着读一下，因为它会提供一些有力而易用的工具，这些工具是简单的图形用户界面所无法 提供的。 本教程以一种有趣的小蛋白质泛素的研究为例来说明VMD 的应用。在本文中，一些资 料是在小框中出现的。这些小框中包括教程的补充内容，例如泛素扮演的生物学角色，使用 VMD 的一些提示和捷径等等。 如果你有对本教程的评论和问题，请发邮件至tutorial-l@ 。邮件列表可以在 /Training/Tutorials/mailing list/tutorial-l/.中找到。 泛素 本教程会用VMD来显示泛素。泛素是一个由76个氨基酸组成 的小蛋白质，在所有的真核生物中普遍存在。在所有真核生物蛋白 质中，泛素是最为保守的蛋白质之一 （在昆虫，鱼，牛和人中，前 74个氨基酸是完全一样的）。它已被证明存在于细胞核、细胞质和 细胞表面。它首要的功能是介导蛋白质降解，在降解过程中，作为 细胞内蛋白水解酶识别的标志。 需要的程序： 以下是本教程中需要的程序 VMD: 可以从/Research/vmd/ 下载 （在所有平台上均可使用）。 绘图程序：要观看从VMD 输出的图像，需要专门的程序。VMD 有一个内置的绘图程序， 也可以应用外部程序。应用什么程序是由你的操作系统决定的。例如： –Unix/Linux: xmgrace, http://plasma -gate.weizmann.ac.il/Grace/ –Windows: Excel, /en-us/FX010858001033.aspx (需要购买) –Mac/Multiple Platforms: Mathematica, / (需要购买); gnuplot, /(免费下载) 现在开始学习VMD 你可以在VMD-tutorial-files 目录里找到本教程的文件。如图 1 所示的VMD-tutorial -files 的 文件和目录 图1：VMD-tutorial-files 的目录结构 运行VMD， 可以在Unix 终端窗口中键入vmd, 在Mac OS X 的应用文件夹中双击VMD应用 程序图标或者在windows 中单击开始——程序——VMD 。 1 VMD基础 在本单元中你会通过构建一个泛素的较美观的图形来熟悉VMD 的基本命令。另外，你 可以学习怎样用VMD来寻找蛋白质结构上的有趣的特点。 1．1 导入分子 第一个步骤是导入分子。在教程中提 供了一个pdb文件1UBQ.pdb，文件中包含 了泛素的原子坐标。 1在VMD 主窗口的菜单栏中选择File —— New Molecule ，如图2 （a ），屏幕上会显 示另外一个窗口，即Molecule File Browser (b) 。 2 应用Browse. （c ）按钮在 vmd-tutorial-files中找到文件 1UBQ.pdb，注意到当你选择这个文 件的时候，就会回到Molecule File Browser窗口。为了精确地导入你要 导入的文件一定不要忘了按下Load （d ）按钮。 图2 导入分子 现在，泛素在你的OpenGL Display窗口中显示出来。你可以随时选择Molecule File Browser 窗口。 Webpdb. 如果网络连接可用，VMD 可以从蛋白质数据库中下载pdb文件。只 要在Molecule F