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河南斗鸡线粒体D-loop区多态性及与4种斗鸡的进化分析
安徽农业大学学报, 2015, 42(5): 726-729
Journal of Anhui Agricultural University
[DOI] 10.13610/ki.1672-352x003 网络出版时间：2015-8-25 9:52:54
[URL] /kcms/detail/34.1162.S0952.006.html
河南斗鸡线粒体 D-loop 区多态性及与4 种斗鸡的进化分析
*
贾晓旭，陆俊贤，唐修君，唐梦君，樊艳凤，顾 荣，高玉时 ，苏一军
(江苏省家禽科学研究所，扬州 225125)
摘 要：对28 只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome, mtDNA) D-loop 区全序列进行PCR 扩增和测序，
并结合GenBank 中其他品种中国斗鸡D-loop 区序列，进行序列比对和进化分析。结果发现，河南斗鸡 mtDNA D-loop
区全长1232 bp，单倍型多样性（Hd ）为（0.542± 0.086 ），核苷酸多样性（Pi ）为（0.00236±0.00083 ），共发现9 处单
核苷酸多态位点，3 种单倍型。品种间进化分歧显示，河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近（0.0095 ），与漳州斗鸡
遗传距离最远（0.0226 ）。系统发育分析发现，5 个斗鸡品种可以分成A 、B 、C、D 和 E 5 个分支。研究表明，河南
斗鸡mtDNA D-loop 区呈中度多态，有2 个母系起源，本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。
关键词：河南斗鸡；线粒体DNA；D-loop 区；多态性；起源
中图分类号：S831.99 文献标识码：A 文章编号：1672−352X (2015)05−0726−04
Mitochondrial DNA control region polymorphisms in Henan Gamecocks
and evolutionary relatedness with other four Gamecock breeds
JIA Xiaoxu, LU Junxian, TANG Xiujun, TANG Mengjun, FAN Yanfeng, GU Rong, GAO Yushi, SU Yijun
(Jiangsu Institute of Poultry Science, Yangzhou 225125)
Abstract: To determine the origin and genetic diversity of Henan Gamecocks, blood samples were collected
from 28 chickens, and the complete mtDNA D-loop was amplified by PCR and sequenced subsequently. DNA
sequences of mtDNA D-loop of four gamecock breeds were collected from the GenBank and used as the reference
sequences. The results showed that the D-loop region of Henan Gamecocks was 1232 bp in length. The haplotype
diversity was 0.542, and the nucleotide diversity was 0.00236. The 3 haplotypes were observed based on 9 mutant
sites. Estimates of evolutionary divergence between breeds showed that the Henan Gamecocks was genetically
closest to th
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