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　　乙型肝炎病毒X基因区序列的系统发育树分析 作者：张豪，孙桂菊，钱耕荪，屠红 ［摘要］目的: 研究 利用乙型肝炎病毒X基因区序列构建系统发育树进行基因型 分析 的可靠性。 方法 : 从美国NCBI基因库中下载HBV全基因序列共249条，其中166条为已知基因型的序列，83条为未知型序列。利用ClustalX1.8软件和TreeVieRNA为中间体进行逆转录复制，复制过程缺乏校对酶的作用容易发生碱基配对错误，导致HBV基因突变十分频繁。虽然HBV的血清型分型已建立多年，但不能深刻反映HBV病毒的变异，其临床上意义也不大。HBV基因型分型方法以HBV全基因序列核苷酸异源性≥8%为不同基因型的分型标准［1］ ，至今已发现A～H8种基因型。HBV的X基因在致肝病过程中起着至关重要的作用，它与肝癌的发生有着密切的联系。 目前 还没有利用X基因序列对HBV进行基因型分型的相关报道，作者利用NCBI基因库中的资源，对用X基因序列进行HBV基因分型作一研究。 　　1 材料与方法 　　1.1 HBV基因序列的来源 　　利用互联 网络 从美国NCBI基因库（http:...）中下载HBV全基因序列249条。这些序列均来源于人类HBV感染者，动物源性的HBV及不常见的双基因型杂合HBV不在本研究之列。 　　1.2 HBV X基因序列的多重比对与系统发育树的构建 　　在完整HBV基因序列中选取X基因序列，以Fas-ta格式导入ClustalX1.8软件中，用多重比对模式进行比较，绘制N.J树，生成ph文件，然后导入TreeVieber of the definitive HBV genotype in NCBI 　　 　　2.2 HBV的X基因序列系统发育树分析 　　在下载的HBV全基因序列中选取已明确基因型的序列，利用ClustalX1.8和TreeVie. 　　3 讨论 　　1988年Okamoto通过对18株不同血清型的HBVDNA全序列比较后发现，血清型不能真正反映HBV基因组的差异，并将全基因序列差异≥8%定为HBV不同的基因型。到 目前 为止，已经发现了A～H8种不同型别的基因型。HBV基因型的分布具有明显的地域性。A型主要分布于西欧、北欧、北美洲及非洲地区;B型和C型主要分布于亚洲和澳大利亚;D型分布最为广泛，主要分布于中东、北非和南欧及地中海地区;E型主要分布于非洲撒哈拉沙漠地带;F型主要分布于美国;G型在法国和美国被发现;H型已在尼加拉、墨西哥及美国加里弗尼亚地区被发现。在我国HBV基因型主要是B型和C型。HBV基因型的不同，其临床意义也不同。目前认为C型病毒引起的临床后果比B型要严重得多。感染HBV C型的患者，其丙氨酸氨基转移酶（ALT）异常率和e抗原的阳性率明显高于感染HBV B型者，同时也具有慢性肝炎、肝硬化 发展 为肝细胞癌的趋势［2］ 。 　　图1 已知基因型X基因序列的系统发育树（略） 　　Fig1 Phylogeic tree construction of the clear sequences on X region 　　表2 基因库中未知基因型序列的系统发育树 分析 结果（略） 　　Tab2 Registered number of the unknoology in nucleotide sequence:parison of surface antigen subtypes［J］.J Gen Virol，1988，69:2575.2583. 　　［2］DING X，MIZOKAMI M，YAO G，et al.Hepatitis B virus geno-type distribution among chronic hepatitis B virus carriers in Shang-hai，China［J］.Intervirology，2001，44（1）:43.47. 　　［3］MIZOKAMI M，NAKANO T，ORITO E，et al.Hepatitis B virus genotype assignment using restriction fragment length polymorphism patterns［J］.FEBS Lett，1999，450（1.2）:66.71. 　　［4］NAITO H，HAYASHI S，ABE K.Rapid and specific genotyping for hepatitis B virus corresponding to six major genotypes by PCR using type.specific primers［J］.J Clin Mi