NimbleGen序列捕获芯片.PDFVIP

NimbleGen 序列捕获芯片 新一代测序技术之所以迷人，是因为它一次运行几天就完成了我们若干人若干年才能完成的任务。 不过在其风光的外表之下，也有着不为人知的艰辛。运行费用太高，这让众多想吃螃蟹的研究人员只 能望而兴叹。连最知名的Sanger 研究院都有些吃不消，更何况一般的研究员。我们以前处理中最简单 的PCR 来举例说明一下。 如果你想对 1000 个基因（约7000 个外显 NimbleGen 的专利了，外人不得而知。捕获过 子）进行测序，那么你首先要设计并合成14000 程也很简单：基因组DNA 被打断，然后与定制 条PCR 引物，扩增出目的片断。以每条引物10 的序列捕获芯片杂交，没有杂交上的片断被洗 元的最优惠价格计算，这部分的费用大约是 14 掉。富集的目标群体随后被洗脱并扩增，就能用 万（注：本文列出的价格均为人民币）。另外， GS FLX 进行高通量测序了。 7000 个PCR 反应的费用姑且算作3.5 万元。那 NimbleGen 序列捕获芯片的优势： 么，仅仅是PCR 这部分，费用就蹭地升到了18 万左右。这还只是试剂的费用，人工呢？设计 定向捕获基因组目标区 目前一块芯片最 7000 对引物，这可不是一般的工作量，每天设 长可捕获5 MB 的指定基因组区域，特异性和覆 计 100 对，天天无休，也得两个月啊。还有痛 盖度都很高。 苦的PCR 过程，不出差错都要偷笑了。难怪有 数据可靠 芯片上包含了对照探针，用于验 些机构买了新一代测序仪，却迟迟不敢开动。 证系统的性能。基于已知、独特的基因座，这些 看了这段话，估计有些想跃跃欲试的研究者 目标区域提供了对照基因座富集水平的定量测 开始泄气了。不过，科技的魅力就在于其不断创 定方法。 新，生命科学尤其如此。这不，罗氏公司属下 你说，我捕获 每个人感兴趣的区域都不一 NimbleGen 公司就推出了全新的解决方案。只 样，只要你选择出想要捕获的区域，Roche 需1 块NimbleGen 革命性的序列捕获芯片，就 NimbleGen 就会设计并合成一块定制的序列捕 能靶定上面7000 个外显子，一步完成富集步骤， 获芯片。捕获区域可以是连续或非连续的基因组 极大地节省了费用、人力和时间。 长片段、全外显组或其他任何区域。 NimbleGen 序列捕获芯片可是天字第一号， 省钱、省时又省事 有了这块芯片，什么引 专门用于解决测序时样品制备的瓶颈。这种芯片 物设计、PCR，都抛到脑后吧，一次就得到了可 可以量身定制，能捕获连续或分散的基因组区 直接用于测序的所有目标区域。与PCR 方法相 域，灵活性非常高。 比真是省钱、省时又省事。 NimbleGen 序列捕获芯片的原理与一般的 至于它的表现如何，我们让paper 来说话。 芯片类似，不过据罗氏的专家介绍，探针的长度 贝勒医学院是它的早期用户之一。Albert 等人研 会稍长一些。至于探针的具体信息，那就是 究表明，序列捕获方法较之于以前的PCR 方法 第 5 页，共 26 页 下一页 返回 是一种更简单、更精准、更高效、更经济的方法。 格。如果你现在定制，那真是赶上好时机了。现 通过一次实验，超过6,700 个外显子可以被同时 在罗氏携手