Actinonin与肽脱甲酰基酶作用模式的分子动力学模拟研究_高剑.pdf

中国医药导报 年 月第 卷第 期 2016 1 13 3 ·论 著 · Actinonin与肽脱甲酰基酶作用模式的 分子动力学模拟研究 高 剑 王 涛 孙 杰 牟 杰 徐州医学院 江苏省新药研究与临床药学重点实验室，江苏徐州 221004 [摘要] 目的 研究 actinonin 与脱甲酰基酶的相互作用模式， 阐述基于actinonin 进行特异性人肽脱甲酰基酶 （HsPDF ）抑制剂设计思路。 方法 使用分子动力学模拟和MM/GBSA 自由能计算等方法来研究各种肽脱甲酰基酶 （PDF ）与actinonin 的相互作用模式，定量描述PDF 关键残基与actinonin 的结合自由能。 结果 在与actinonin 结 合方面， 作为 的代表，与 和 比较，存在 个明显差异：与 的 相互作用 HsPDF PDF1A PDF1B PDF2 3 HsPDF motif 1 较强，与motif 2 较弱，而与 PDF1B 和 PDF2 的motif 1 相互作用较弱，而与 motif 2 相互作用较强；与 HsPDF 的 Leu131 和Met145 相互作用较强，而这些相互作用在 PDF1B 和PDF2 是不存在的；与HsPDF 的Trp207 存在很强 的结合自由能，而与PDF1B 和PDF2 在相同位置的残基相互作用较弱。 结论 利用分子动力学模拟的方法，研究 actinonin 与PDF 的相互作用模式， 阐述HsPDF 与其他类型PDF 在活性位点的差异， 为基于actinonin 的特异性 HsPDF 抑制剂的设计提出了思路。 关键词 分子 动力学模拟 ；肽脱甲酰基酶 ； ；抗肿 瘤 ；抗 菌 [ ] Actinonin 中图分类号 R75 [文献标识码 A [文章编号 1673-7210（ 016 ） （ ） 1-06 [ ] ] ] 2 01 c -002 Molecular dynamics simulation on the molecular interactions of peptide deformylase and actinonin GAO Jian WANG Tao SUN Jie MOU Jie Xuzhou Medical College Jiangsu Key Laboratory of New Drug Research and Clinical Pharmacy, Jiangsu Province, Xuzhou 221004, China [Abstract] Objective To investigate the binding modes between actinonin and peptide deformylases and to characterize the informations about how to design the specific HsPDF inhibitor. Methods The combination of molecular dynamics simulatio