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KEGG数据库重构代谢网络的新方法
CN43-1258/ TP 2010 32 8
ISS N 1007-130X COMPUT ER ENGINEERING SCIENCE Vol.32, No.8, 20 10
:1007-130X(20 10)08-0 104-04
＊
KEGG
A New Approa h to Re onstru ting
Metaboli Networks from KEGG
1, 3 2 1 1 1 3
, , , , ,
1, 3 2 1 1 1 3
ZHOU Ting-ting , YUNG K F Samuel , WANG Zheng-hua , DONG Yun-yuan , WANG Yong-xian , ZHU Yun-ping
(1., 10073;2., ;
3., , 102206)
(1.National Laboratory for Parallel and Distributed Processing, Changsha 10073;
2.Department of Computing, the Hong Kong Polytechnic University, Hong Kong;3.State Key Laboratory of
Proteomics, Beijing Proteome Research Center, Beijing Institute of Radiation Medicine, Beijing 102206, China)
:从代谢物、酶和生化反应信息重新构建正确的代谢网络是各项代谢网络相关研究非常关键的 一步。 针对以
往重构方法存在的数据难以及时更新、数据有冗余、获取数据慢等问题, 本文采用分而治之的递归策略, 提出了一种基于
KEGG 数据库自下而上重构全物种代谢网络的新方法。 与以前的方法相比, 本方法的优点在于:使用KEGG 的W eb 服务
获取数据, 以保证数据的准确性和及时更新;依靠KEGG/ PAT HWAY 库的数据选择机制选取数据, 以保证构建网络的数
据无冗余;整 个方法基于Java 实现, 保证程序的跨平台通用性;通过构建MySQL 本地数据库将远程数据本地化, 大大降低
数据读取的时耗。 评估结果显示, 该方法不仅能够保证重建网络数据的准确性和及时更新, 而且有效地提高了多物种多次
重构情况下的网络重构效率。
Abstract:The high-quality netw ork re onstru tion from metabolites, enzymes and rea tions is the first step for the
study on metaboli networks.However, the previous re onstru tion approa hes have some disadvantages.For example, the
data ontains redundan y and ould hardly be updated in time.Besides, the data retrieval is alway s time- onsuming.In this
paper, we propose a new bottom-up approa h for the organism-spe ifi metaboli network re onstru tion.The w
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