DNA芯片图像的自适应提取.pdfVIP

文献标识码 ：A 文章编号：1003—0492(2010)11-0068．04 中图分类号：TP391．41 DNA芯片图像的自适应提取 AnAutomatedDNA ChipImageSegmentationM ethod l 引言 微阵列芯片，又称为基因芯片，它将大量DNA探针分子或 经纯化的蛋白分子通过点样固化于玻片上 ，构成高密度的分子阵 列，再利用特定的仪器对样本进行扫描成像…。基因芯片的每个 n男陈福，福振建莆918(人田5一)，厦门大学动自化系硕士研 究生，主要从事模式识别与智能系统方面的 样点表达了一定的生物信息，微阵列芯片技术可对成千上万的基 研究。 因进行并行分析 ，该技术广泛应用在疾病诊断、药物筛选及基因 测序等生命科学领域。完整的微阵列生物芯片分析过程包括样本 基盒项目：福建省自然科学基金 (2009J05153) 采集、芯片制备、扫描成像、图像处理和数据分析等几个部分， 其中图像处理的 目的是准确地提取基因表达的荧光信号强度值， 摘要：软件内嵌探针测试是在探针函数模板的框架内编写被测对象 ，并 为后续的分析提供数据基础，图像处理提取的信息正确与否，直 对被测对象进行面向对象软件的常规测试，在观察预期结果与实际结果是 接决定后续数据分析的意义。 否一致的同时，还要察看探针函数输出的信息，以确定对象的状态是否正 传统的基因芯片图像处理主要包括基因点定位和信息提取两 确。本论文研究的重点在于探针函数的构成、探针函数的实现及内嵌探针 个步骤 ，基 因点定位分为网格定位和斑点分割 ，用于确定各基因 测试方法的应用研究，意在构筑一个基本的应用框架，提供一种实用的测 试方法。 点的位置，信息提取是在分割出基因点与背景区域后对该点的亮 关键词：软件内嵌探针 ；探针函数；测试 度表达值进行计算。 由于原始图像中的荧光斑点以矩阵形式排列，故传统的基因 Abstract：hisarticlestudiestheautomaticextractionofgenechipimage 点定位方法 ，大多是先做倾斜校正，然后定位斑点的矩形区域 (网 information．Inview ofthediffi cultiesinautomaticprocessing，suchasthe 格定位)，再分割出更紧凑的斑点边缘区域 (斑点分割)。在网格 hugenumberoftheDNA spots，thelow resol