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* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 四种系统进化树构建方法 分化程度较大的远缘序列： 邻位相连法（neighbor-joining，NJ） 最小进化法（ME） 分化程度较小的近缘序列： 最大简约法（MP） 除权配对法（UPGMA） 进化树的可靠性分析 BootstrapMethod 从排列的多序列中随机有放回的抽取某一列，构成相同长度的新的排列序列 重复上面的过程，得到多组新的序列 对这些新的序列进行建树，再观察这些树与原始树是否有差异，以此评价建树的可靠性 至少进行100次重复取样 原始数据多 序列比对结果 对序列中每个 位置重复抽样， 基于原比对结果 生成多个样本 Original tree Bootstrap consensus tree 节点上的值为通过 Bootstrap检验的次数 不同树型 Tree:树型选择 Branch:分支信息修改 Label:分支名称修改 Scale:标尺设定 Cutoff:cutoff值 软件 网址 说明 ClustalX http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ 图形化的多序列比对工具 ClustalW http://www.cf.ac.uk/biosi/research/biosoft/Downloads/clustalw.html 命令行格式的多序列比对工具 GeneDoc /biomed/genedoc/ 多序列比对结果的美化工具 BioEdit /BioEdit/bioedit.html 序列分析的综合工具 MEGA / 图形化、集成的进化分析工具，不包括ML PAUP / 商业软件，集成的进化分析工具 PHYLIP /phylip.html 免费的、集成的进化分析工具 PHYML http://atgc.lirmm.fr/phyml/ 最快的ML建树工具 PAML http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html ML建树工具 Tree-puzzle http://www.tree-puzzle.de/ 较快的ML建树工具 MrBayes / 基于贝叶斯方法的建树工具 MAC5 /software/mac5/ 基于贝叶斯方法的建树工具 TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html 进化树显示工具 上机练习4：MEGA4.0 谢谢！ 选择构树方法 最大简约法(maximumparsimony,MP) 对所有可能的拓扑结构进行计算，并计算出所需替代数最小的那个拓扑结构，作为最优树。 基于距离矩阵 UPGMA(UnweightedPair-GroupMethodusingAnathematicAverage) 将类间距离定义为两个类成员距离的平均值，广泛应用于距离矩阵 NJ（Neighbor-joining） 把所有n个序列两两比对，构建NJ树（起指导作用），每个对比后的成对序列都可以跟第三条序列或者另一个新的alignment比对，按照距离远近，用来决定下一个参与比对的序列 最大简约法（MP） 不需要处理大量核苷酸或者氨基酸替代 存在较多的回复突变或平行突变，而被检验的序列位点数又比较少的时候，可能会给出一个不合理的或者错误的进化树推导结果 UPGMA 所有分支突变率相近 突变率相差较大时（现已较少使用） 邻接法（NJ） 远源序列 对相似度很低的序列，往往出现Long-branch attraction（LBA，长枝吸引现象），严重干扰进化树的构建 * * * * * * * * * * * * * * PSI-BLAST 可以幫使用者比對相同蛋白質家族的氨基酸序列 PHI-BLAST 可以就特定的氨基酸部分進行比對； * * Pam 1 表示有1%的氨基酸形成突变 Blosum62 表示比对结果中至少有62%的氨基酸相同 * * * * * * 输入“formatdb -i db -p T”-〉回车 对db数据库进行格式化 输入“dir”-〉回车 察看bin文件夹下内容 格式化以后产生的文件 输入“blastall -p blastx -i in -d db -o out -e 2e-5 -m 9” -〉回车 运行blastx程序 产生的结果文件“out” 用”more out” 察看结果文件 不使用-m参数时 比对结果显示序列两两比对 用”more out” 察看结果文件 多序列比对的目的