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clusterProfiler R包详细教程.pdf
Using clusterProfiler to identify and
compare functional profiles of gene lists
Guangchuang Yu
School of Biological Sciences
The University of Hong Kong, Hong Kong SAR, China
email:
October 13, 2014
Contents
1 Introduction 2
2 Citation 2
3 Supported organisms 2
4 Gene Ontology Classification 3
5 Enrichment Analysis 4
5.1 Hypergeometric model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
5.2 Gene set enrichment analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
5.3 GO enrichment analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
5.4 KEGG pathway enrichment analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
5.5 DO enrichment analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
5.6 Reactome pathway enrichment analysis . . . . . . . . . . . . . . . 8
5.7 Function call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
5.8 Visualization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
5.8.1 barplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
5.8.2 enrichMap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
5.8.3 cnetplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
5.8.4 gseaplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
5.8.5 pathview from pathview package . . . . . .
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