临床检验诊断学领域本体构建及其在门户网站信息检索中应用研究.pdfVIP

医学信息2010年07月第23卷第7期 MedicalInformation．Ju1．2010．Vo1．23．No．7 l医学信息学 · 临床 医学信息学 · 临床检验诊断学领域本体构建及其在门户网站信息检索中应用研究 杜志银 ，刘 芳 ，赵文龙 ，胡 虹 (1．重庆医科大学信息管理系，重庆 400016；2．重庆市江北区第一人 民医院检验科 ，重庆 400020) 摘要：本文对关键词检索和语义检索进行了比较 。构建了临床检验诊断学领域本体 ．设计并实现 了针对临床检验诊断学门户网站的语义信息捡 索．并进行 了验证试验 。结果符合预期 。 关键词 ：门户网站：临床检验诊断学本体：语义检索 1 引言 以中文版 《医学主题词表》对概念进行分类，并确定概念之间的关系。 本体 ，又叫本体论(Ontology)，其概念起源于哲学，是对客观世 2．2添加概念属性和实例 类的属性包括Annotation(注释 )、Object 界本质的描述，其最终 目标是精确地表示那些隐含信息：20世纪以 Properties(类的属性)和Dataprope~ies(数据属性)。在添加实例前， 来，本体概念被引入到计算机领域 ，用以解决知识表示和知识组织 必须先确定类和属性 ，以肿瘤的诊断标志物为例：目前临床上常规检 方面的问题：1991年Neches等人…最早将本体定义为”构成相关领 查肿瘤的标志物有 ：甲胎蛋白、癌胚抗原 、糖类抗原 19-9、癌抗原 域词汇的基本术语和关系，以及结合这些术语和关系来定义这些词 l25、癌抗原 72—4、前列腺特异抗原 、鳞状细胞癌抗原 、细胞角蛋白 汇外延的规则”，本体的建模方法也初步确立。目前本体已经在_T业 l9片段、P53、ras、erbB一2、myc、Bcl一2等。点击Prot6g~的individuals 人工智能以及信息检索领域越来越受到关注。 标签上的5个面板达到添加实例的目的，包含实例名称、附加在该类 基于本体的语义检索与传统的关键词检索有着本质的区别 ：关 上的属性 。 键词检索是根据用户提交的检索词语与数据库对某些字段中的词 目前课题组定义了485个概念，42个属性，8个 自定义关系，450 语进行匹配 ，找出用户需要的信息，其存在检索不全面、不准确，检 个实例 ，使用Prot6g6构建的双语本体见图l。 索词语不能完全准确反映用户的实际检索需求 ，对检索词语的同义 词、近义词等无能为力 ；而语义检索能让机器理解检索词的语义， 并能准确检索出最相关的文献。并能对检索结果进行分析3【I。 I临床检验诊断学学科是我校的全国重点建设学科，我校于2007 年率先在全国建立了一个临床检验诊断学门户网站为临床检验诊 断学学科服务，但其提供的检索服务是基于关键词有哪些信誉好的足球投注网站，检索效果 不理想，为此本课题组计划构建临床检验诊断学领域本体，并将该 本体应用于该门户网站的检索实践。 2 本体的构建 构建领域本体的目的主要在于实现某种程度的知识共享和复 用。常见的本体构建方法有 ：骨架法、TOVE法(评估法)、Bemaras法、 图 1临床检 验诊断学领域双语本体示意图 SENSUS法、KACTUS工程法、IDEF5法 、METHONTOLOGY法 、七步 3 基于本体的信息检索系统原型的设计 法等 。国内使用最多的方法是 KACTUS工程法和七步法151。 依据语义web的观点 6[1，Web上所有可用的信息均有合理的结 本课题构建临床检验诊断学领域本体的目的是为了实现语义 构、标注和约束，因此在描述基于本体的检索系统之前，首先作出假 组织、语义检索。在参照MeSH词表的情况下，选用斯坦福大学医学 设：Web上的信息都已经进行了合理的标注，能够被人和机器理解。 院开发的Prot6g~4．0作为本体编辑软件，领域本体描述语言采用 基于以上的假设课题组设计了系统原型方案 (图2所示)。其主要4 RDFX／ML，并采用七步法来构建本体。 个功能模块：①构建本体；②文档