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人类副流感病毒F蛋白抗原性的信息学分析 　　摘要： 依据报道的人类副流感病毒I型F蛋白氨基酸序列，通过SPOMA服务器、Signalp3.0服务器预测了F蛋白的二级结构和信号肽；通过TMHMM-2.0服务器预测了F蛋白的跨膜区；通过使用PROTSCALE服务器、SYFPEITHI服务器和Harvard的工具，综合分析得出F蛋白上第190-195和390-399区段可能为抗原肽段区域。该研究结果为副流感亚单位疫苗的研制奠定了基础。 　　Abstract： According to the sequence of human parainfluenza viruses F protein from NCBI, the secondary structure and the signal peptide were predicted by the methods ofSOPMA and Signalp3.0. The transmembrane domain was predicted by the method of TMHMM- 2.0. Moreover, the antigen domains of F protein possibly localized in the regions of 190-195 and 390-399 by the methods ofPROTSCALE、SYFPEITHI and Harvard.These results are helpful for the research of human parainfluenza viruses vaccine. 　　关键词： 人类副流感病毒；F蛋白；抗原性；信息学分析 　　Key words： human parainfluenza viruses; F protein; antigenicity; information analysis 　　中图分类号：R-3 文献标识码：A文章编号：1006-4311（2011）05-0223-02 　　 　　0引言 　　人类副流感病毒是常引起儿童下呼吸道感染的一种病毒，属于副粘病毒科，有包膜，基因组是线性单链RNA，分为五型（I-V）。F蛋白是人副流感病毒的包膜表面蛋白，属于I型糖蛋白，具有细胞融合功能，故与病毒的致病性密切相关，其上分布着抗原表位，具有免疫原性，是副流感亚单位疫苗研究的重点。分析目前蛋白序列已知的人类副流感病毒F蛋白的结构与抗原位点有利于我们探索副流感亚单位疫苗的基因选择。 　　1材料与方法 　　1.1 副流感病毒F蛋白氨基酸序列从NCBI上获得副流感病毒F蛋白氨基酸序列（BAE00054.1、CAA40786.1、AAAA46842.1），长度为551个氨基酸。具体氨基酸序列如下： 　　MHHLHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNIGVIQSKIRSLMY 　　YTDGGASFIVVKLLPNLPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSK 　　ISTVTDTKTRQKRFAGVVVGLAALGVATAAQITAAVAIVKANANAA 　　AINNLASSIQSTNKAVSDVIDASRTIATAVQAIQDRINGAIVNGITSAS 　　CRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNPALTPLSIQALRILLGSTLPIV 　　IESKLNTNFNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQINVPTFIMQPGAK 　　VIDLIALSANHKLQEVVVQPNRILEYANELQNYPANDCVVTPNSVFC 　　RYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSCTFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCK 　　SLLCRCADPPHVVSQDDTQGISIIDIKRCSEMMLDTFSFRITSTFNATY 　　VTDFSMINANIVHLS 　　PLDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQARTAKTLYSLSAIA 　　LILSVITLVVVGLLIAYIIKLVSQIHQFRSLAATTMFHRENPAFFSKNN 　　HGNIYGIS 　　1.2 F蛋白信号肽预测在Signalp3.0服务器上（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）预测F蛋白信号肽[1-2]。 　　1.3 F蛋白跨膜区域的预测用TMHMM-2.0服务器（http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/）对F蛋白的跨膜结构进行预测[3]。 　　1.4 F蛋白的二级结构预测在SPOMA服务器预测