- 1、本文档共8页,可阅读全部内容。
- 2、有哪些信誉好的足球投注网站(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
- 5、该文档为VIP文档,如果想要下载,成为VIP会员后,下载免费。
- 6、成为VIP后,下载本文档将扣除1次下载权益。下载后,不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 7、成为VIP后,您将拥有八大权益,权益包括:VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 8、VIP文档为合作方或网友上传,每下载1次, 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等,对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
人类副流感病毒F蛋白抗原性的信息学分析.doc
人类副流感病毒F蛋白抗原性的信息学分析
摘要: 依据报道的人类副流感病毒I型F蛋白氨基酸序列,通过SPOMA服务器、Signalp3.0服务器预测了F蛋白的二级结构和信号肽;通过TMHMM-2.0服务器预测了F蛋白的跨膜区;通过使用PROTSCALE服务器、SYFPEITHI服务器和Harvard的工具,综合分析得出F蛋白上第190-195和390-399区段可能为抗原肽段区域。该研究结果为副流感亚单位疫苗的研制奠定了基础。
Abstract: According to the sequence of human parainfluenza viruses F protein from NCBI, the secondary structure and the signal peptide were predicted by the methods ofSOPMA and Signalp3.0. The transmembrane domain was predicted by the method of TMHMM- 2.0. Moreover, the antigen domains of F protein possibly localized in the regions of 190-195 and 390-399 by the methods ofPROTSCALE、SYFPEITHI and Harvard.These results are helpful for the research of human parainfluenza viruses vaccine.
关键词: 人类副流感病毒;F蛋白;抗原性;信息学分析
Key words: human parainfluenza viruses; F protein; antigenicity; information analysis
中图分类号:R-3 文献标识码:A文章编号:1006-4311(2011)05-0223-02
0引言
人类副流感病毒是常引起儿童下呼吸道感染的一种病毒,属于副粘病毒科,有包膜,基因组是线性单链RNA,分为五型(I-V)。F蛋白是人副流感病毒的包膜表面蛋白,属于I型糖蛋白,具有细胞融合功能,故与病毒的致病性密切相关,其上分布着抗原表位,具有免疫原性,是副流感亚单位疫苗研究的重点。分析目前蛋白序列已知的人类副流感病毒F蛋白的结构与抗原位点有利于我们探索副流感亚单位疫苗的基因选择。
1材料与方法
1.1 副流感病毒F蛋白氨基酸序列从NCBI上获得副流感病毒F蛋白氨基酸序列(BAE00054.1、CAA40786.1、AAAA46842.1),长度为551个氨基酸。具体氨基酸序列如下:
MHHLHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNIGVIQSKIRSLMY
YTDGGASFIVVKLLPNLPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSK
ISTVTDTKTRQKRFAGVVVGLAALGVATAAQITAAVAIVKANANAA
AINNLASSIQSTNKAVSDVIDASRTIATAVQAIQDRINGAIVNGITSAS
CRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNPALTPLSIQALRILLGSTLPIV
IESKLNTNFNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQINVPTFIMQPGAK
VIDLIALSANHKLQEVVVQPNRILEYANELQNYPANDCVVTPNSVFC
RYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSCTFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCK
SLLCRCADPPHVVSQDDTQGISIIDIKRCSEMMLDTFSFRITSTFNATY
VTDFSMINANIVHLS
PLDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQARTAKTLYSLSAIA
LILSVITLVVVGLLIAYIIKLVSQIHQFRSLAATTMFHRENPAFFSKNN
HGNIYGIS
1.2 F蛋白信号肽预测在Signalp3.0服务器上(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)预测F蛋白信号肽[1-2]。
1.3 F蛋白跨膜区域的预测用TMHMM-2.0服务器(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/)对F蛋白的跨膜结构进行预测[3]。
1.4 F蛋白的二级结构预测在SPOMA服务器预测
文档评论(0)