生工高通量测序服务.ppt

甲基化程度与基因表达的相关性 主要内容 高通量测序简介 高通量测序与传统技术比较 高通量测序平台的介绍 高通量测序的应用范围介绍 相关生物信息学分析软件介绍 常用生物信息学分析平台与资源 常用编程分析平台：Perl / BioPerlPython / BioPythonR / BioconductorJAVA / BioJava 常用网上资源：NCBI SRA – Sequence Read ArchiveUCSC Genome BrowserSEQanswers – WiKi Forum for NGS 常用基因组拼接软件 Velvet Ray ABySS SOAPdenovo SSAKE SHARCGS MIRA Edena 序列比对软件 BLAST BLAT MAQ SOAP Bowtie Tophat BWA SSAHA ELAND SNP 分析软件 SAMTools SOAPsnp NGS-Backbone MAQ SeqMan NGen CLCBio Genomics 致谢 感谢以下我们的合作单位和个人提供相关技术资料 中科院生物信息中心 众信信息技术事业部（EGITEKS） 丁国徽 博士 谢谢大家！ 徐相 021NGS@S 转录组GO分析示例 SNP/InDel 和 SSR分析 Raw Reads Assembled Contigs Alignment Results SNP/InDel List SSR List BWA SAMtools Sputnik 有参考序列转录组分析流程 Mapped reads (.sam/.bam) Gene Annotation (Refgene.gtf in UCSC) Downstream biological analysis Gene selection with Differential Transcript Tophat Cufflinks Transcript-level FPKM Gene-level FPKM Tophat序列比对原理 基因与转录本丰度统计 S1 FPKM S1 Relative abundance S2 FPKM S2 Relative abundance Transcript 1 58.8456 0.435 2.51419 0.0234 Transcript 2 16.902 0.125 101.604 0.945 Transcript 3 59.3859 0.439 3.4043 0.032 Gene 135.1335 1 107.52249 1 基因融合分析示例 小RNA测序 小 RNA是指长度在21-31nt的内源性非蛋白质编码RNA，广泛存在于高等和低等生物体内，其对mRNA的转录及转录后水平等生命过程起到调节作用。 现已知小RNA可归纳成三类：微RNA (miRNA)，小干扰RNA(siRNA)和与piwi相互作用的RNA(piRNA)。 miRNA长度为21~24nt，产生于有典型茎环二级结构的原转录本(pri-miRNA)，在动植物的目标mRNA的降解与抑制方面发挥重要作用。siRNA，长度在19~25nt，产生于长双链RNA，同样在动植物的目标mRNA的降解与抑制方面发挥重要作用。piRNA，长度26~31nt，由与其相互作用的Piwi蛋白定义，目前研究表明其在配子形成的过程中起作用。 小RNA测序流程 小RNA测序生物信息分析内容 数据统计、评估 sRNA在参考基因组上的分布 已知miRNA比对，重复序列比对，Genbank比对，Rfam比对，外显子、内含子比对，RNA分类注释 预测新的miRNA 针对miRNA进行差异分析，筛选差异显著的miRNA miRNA聚类分析（三个及三个样本以上） 已知miRNA家族分析 miRNA碱基编辑 miRNA的靶基因预测 靶基因的GO及KEGG Pathway富集性分析 小RNA测序基础分析结果统计 Type Count % total_readshigh_quality100% 3adapter_null 505290 4.61% insert_null 8510 0.08% 5adapter_contaminants 54259 0.50% smaller_than_18nt 16964 0.15% polyA 14 0.00% clean_reads94.66% small RNA Tag Tag% small RNA Read Read% 小RNA总量 263538 100%100% 比对上基因组 85667 32.51% 8343865 80.