系统进化树的构建方法和软件应用.ppt

实例讲解 文件下载完之后，下载的Fasta 文件直接用 ClustalX 2.0.12打开 实例讲解 在进行多序列比对之前我们需要对软件进行一些设置 1.选择Alignment标签 2.选择Output format options 请将Clustalw sequences numbers选项设置为 On 之后点击 Ok ，在返回主界面之后请点击Alignment 标签选择 Do Complete Alignment选项 选择保存路径之后点击ok，剩下的时间可以去喝点咖啡休息一下。 实例讲解 从图中我们可以发现起始序列最短的是从位置22开始的，而尾端序列最短的是在位置1738，通过设置我们可以保存这样一批已经经过掐头去尾后的序列,保存格式为：文件名.aln。当然我们也可以直接保存为Fasta format, 如果选择前者我们需要用BioEdit转换格式，如果是后者我们可以直接进入建树阶段。 点击主界面中的 File标签选择 Save as选项，并按照例子设置参数 实例讲解 经过ClustalX2掐头去尾后的序列可以用BioEdit软件打开，选择File?Save as?保存类型为:文件名.fasta. 当我们查询结果的时候可以发现这和用ClustalX2保存的fasta文件是一致的。 实例讲解 下一步我们将介绍如何用MEGA构建我们的进化树，首先请大家用MEGA软件将我们之前保留的Fasta文件打开。 实例讲解 下一步我们将介绍如何用MEGA构建我们的进化树，首先请大家用MEGA软件将我们之前保留的Fasta文件打开这时候会有两个窗口，选择File标签--Convert file format to Mega. 实例讲解 选择File标签--Convert file format to Mega. 当给出相应的文件路径之后点击ok ,然后制定输出文件格式：文件名.meg 实例讲解 双击刚才保存的meg文件. 选择数据类型，在本次测试中我们用的是核苷酸序列，对于右边的参数信息请点击help按钮。 更具实际的情况我们这里选择No选项 实例讲解 下一步进入建树的最后阶段 在Plylogeny中选择建树方法，这里我们选择NJ法。 参数设置好之后点击compute. 蛋白质序列一般选择Poisson Correction（泊松校正）,对于核苷酸序列一般采用Kimura-2模型 实例讲解 根据Mega的计算最终我们得到了序列中的进化关系。 Mega软件还可以自动提供一份简要的分析报告，你只需要点击Caption按钮报告便可以自动生成。 如果Bootstrap Value 70我们认为这个分支是可靠的 进化树评估优化方法简介：常用的两种方法就是Bootstrap和Jackknife。? ?? ???所谓Bootstraping法 就是从整个序列的碱基（氨基酸）中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样，一个序列就可以变成了许多序列，一个多序列组也就可以变 成许多个多序列组。根据某种算法（最大简约性法、最大可能性法、邻位相连法）每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比 较，按照多数规则（majority-rule）我们就会得到一个最“逼真”的进化树。其数值反应了该树枝的可信的百分比。 所谓Jackknife则是另外一种随机选取序列的方法。它与Bootstrap法的区别是不将剩下的一半序列补齐，只生成一个缩短了一半的新序列。 Double Check 通常情况下当我们用建树的一种方法获得了树图之后，我们建议大家可以通过另外的方法建树，如果先后的两个树图大体一致，我们认为之前构建的树是相对可靠的。 Thanks 系统进化树的构建方法与软件应用 姓名：张镜悬 E-mail：J.zhang@ 什么是系统进化树 系统进化树又称为演化树，是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树.在树中每个节点代表其各个分支的最近共同祖先，而节点的线段长度对应了其演化的距离。 (/wiki/Phylogenetic_tree) 直系同源和旁系同源 直系同源：同源的基因是由共同的祖先基因进化而产生的。 旁系同源：同源的基因是由于基因复制产生的。 这也就告诉我们用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的才可以真实的反映其进化的过程。 系统进化树的分类 根据树是否有根，进化树可以分为有根树和无根树两类。 有根树和无根树的进化层面上的意义 有根树反应了树上物种或者基因进化的时间顺序,通过分析有根树的长度，可以了解不同的物种或者基因以什么方式和速率进化。 无根树只反映分类单元之间的距离,而不涉及谁是谁的祖先问题 做有根树需要指定outg