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生物信息学分析方法 主要内容 生物信息学概念及研究内容 生物信息学的主要软件及数据库 什么是生物信息学？ 以核酸、蛋白质等生物大分子数据库为主要对象，以数学、信息学、计算机科学为主要手段，以计算机硬件、软件和计算机网络为主要工具，对浩如烟海的原始数据进行存储、管理、注释、加工，使之成为具有明确生物意义的生物信息。 并通过对生物信息的查询、有哪些信誉好的足球投注网站、比较、分析，从中获取基因编码、基因调控、核酸和蛋白质结构功能及其相互关系等理性知识。 在大量信息和知识的基础上，探索生命起源、生物进化以及细胞、器官和个体的发生、发育、病变、衰亡等生命科学中重大问题，搞清它们的基本规律和时空联系。 生物信息学的具体内容 生物信息学研究需要的科学基础 需要一定的计算能力。包括相应的软、硬设备。要有各种数据库或者能与国际、国内的数据库系统进行有效的交流。要有发达、稳定的互联网络系统。 生物信息学需要强有力的创新算法和软件。 它要与实验科学，特别是与自动化的大规模高通量的生物学研究方法与平台技术建立广泛、紧密的联系。这些技术，既是产生生物信息数据的主要方法，又是验证生物信息学研究结果的关键手段。 BLAST( Basic Local Alignment Search Tool) BLAST是最常用的有哪些信誉好的足球投注网站序列数据库的程序。它是执行成对比较，寻找具有局部相似的区域。 常用的BLAST分析方法： 　　blastn 核酸与核酸库比对 　　blastx 核酸与蛋白质库比对 　　blastp 蛋白质与蛋白质库比对 　　tblastn 蛋白质与核酸库比对 　　tblastx 基于六框翻译的核酸库之间比对 在线BLAST分析(www. ) NCBI：美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information），1988年设立，为美国国家医学图书馆（NLM）和国家健康协会（NIH）下属部门之一。提供生物医学领域的信息学服务，包含世界三大核酸数据库之一的GenBank数据库；PubMed医学文献检索数据库； 孟德尔人类遗传（OMIM）；三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）；唯一人类基因序列集合（UniGene）；人类基因组基因图谱；分类学数据库等。 本地BLAST软件中几个主要的可执行程序 Formatdb：将一个FASTA格式的序列数据库转换成一个BLAST数据库 用法: (在blast软件下） 　formatdb –i [input file name] –o F –p F (核酸数据库) formatdb –i [input file name] –o F –p T （蛋白数据库） 多重序列间比对及进化-Clustal ClustalW (Dos 版）, ClustalX (windows版) Clustal 是一个常用的多序列渐进比对程序。Clustal中的试探法是建立在系统发育分析的基础上。 分为4个步骤: 产生一个所有待比对序列的成对距离矩阵，并通过邻近加入算法产生一棵向树。 每个关系最近序列对用动态规划法进行相互比对 能过分析每个新比对来建立一个序列简图 比对简图之间相互比对或和其他进行比对直到建立完整的比对 在线生物信息学资源简介 核酸一级数据库： GenBank、EMBL、 DDBJ、NDB 核苷酸二级数据库： 在线免疫遗传学数据库IMGT 基因调控转录因子数据库TransFac 真核生物启动子数据库EPD 单核苷酸多态性数据库dbSNP 蛋白质数据库 蛋白质功能位点数据库Prosite 蛋白质序列指纹图谱数据库Prints 蛋白质序列模块数据库Blocks 蛋白质序列家族数据库Pfam 免疫球蛋白数据库DIP 酶类数据库ENZYME 多肽酶类数据库MEROPS 蛋白质结构分类数据库SCOP 蛋白质分类数据库CATH 蛋白质直系同源簇数据库COGs 生物大分子三维空间结构数据库 蛋白质结构数据库PDB 　分子结构数据库CSD 　BioMagResBank数据库 　MMDB分子模型数据库 蛋白质编码区预测： DNA sequence translation page at the University of Minnesota (US). ORF Finder at NCBI. DNA sequence translation into protein tool at ExPaSy (Switzerland). 免费获取全文的一些方法 免费全文杂志 / http://www.dna-res.kazusa.or.jp/ 全文信息网站 / .htm/index.htm 查看作者自己的主页 根据作者的E-m