蛋白质相互作用数据库和分析方法.pdf

1 蛋白质相互作用数据库和分析方法 1. 蛋白质相互作用的数据库 蛋白质相互作用数据库见下表所示： 数据库名 说明 网址 BIND 生物分子相互作用数 http://bind.ca/ 据库 DIP 蛋白质相互作用数据 / 库 IntAct 蛋白质相互作用数据 http://www.ebi.ac.uk/intact/index.html 库 InterDom 结构域相互作用数据 .sg/ 库 MINT 生物分子相互作用数 http://mint.bio.uniroma2.it/mint/ 据库 STRING 蛋白质相互作用网络 http://string.embl.de/ 数据库 HPRD 人类蛋白质参考数据 / 库 HPID 人类蛋白质相互作用 http://wilab.inha.ac.kr/hpid/ 数据库 MPPI 脯乳动物相互作用数 http://fantom21.gsc.riken.go.jp/PPI/ 据库 biogrid 蛋白和遗传相互作用 / 数据，主要来自于酵 母、线虫、果蝇和人 PDZbase 包含PDZ结构域的蛋白 /services/pdz/start 质相互作用数据库 Reactome 生物学通路的辅助知 / 识库 2. 蛋白质相互作用的预测方法 蛋白质相互作用的预测方法很非常多，以下作了简单的介绍 1) 系统发生谱 这个方法基于如下假定：功能相关的(functionally related)基因，在一组完全测序的 基因组中预期同时存在或不存在，这种存在或不存在的模式(pattern)被称作系统发育 谱；如果两个基因，它们的序列没有同源性，但它们的系统发育谱一致或相似．可以推 断它们在功能上是相关的。 上海复旦枫林科技园区 上海市肇嘉浜路 446 弄 2 号楼 1001 室 2 2) 基因邻接 这个方法的依据是，在细菌基因组中，功能相关的基因紧密连锁地存在于一个特定区域， 构成一个操纵子，这种基因之间的邻接关系，在物种演化过程种具有保守性，可以作为 基因产物之间功能关系的指示。这个方法似乎只能适用于进化早期的结构简单的微生 物。所以在人的蛋白质相互作用预测时不采用这个方法。 3) 基因融合事件 这个方法基于如下假定：由于在物种演化过程中发生了基因融合事件，一个物种的两个 (或多个)相互作用的蛋白，在另一个物种中融合成为一条多肽链， 因而基因融合事件 可以作为蛋白质功能相关或相互作用的指示。 4) 镜像树 这个方法的思想是，功能相关的蛋白质或同一个蛋白的域之间，受功能约束，其进化过 程应该保持一致， 即呈现共进化(CO—evolution)特征，通过构建和比较它们的系统发 育树，如果发现树的拓扑结构显示相似性，这种相似的树被称作镜像树，那么