clustalx的应用讲解 (3).pptVIP

Aln文件打开 Aln文件可以用于保存序列比对结果，可用专门的多序列比对着色软件如着色，并进一步做功能分析等操作。 Step4-treeview制作进化树 dnd文件用treeview打开。 Treeview软件可以将多序列比对结果以进化树的形式展示，其默认前提是所有蛋白源自同一祖先。枝的长度代表进化距离。在其中两种树状图的左下角有标尺，可根据它来计算进化距离。 Dnd文件载入方式 自动列出所有的dnd文件，选中目标文件直接可以载入 采取open的方式载入dnd文件： 浏览dnd文件存放位置并打开 载入文件后默认以第二种树形图展示 只表现进化关系，不可计算进化距离 根据进化树可以分析其进化关系和进化距离。 可以选择保存为emf图形文件， 用画图程序打开。 Clustalx简介 Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G. 等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx（clustalw的PC版本）等。 Clustalx的工作原理 Clustalx输入多个序列 快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。 邻接法(NJ)构建一个树（引导树） 根据引导树，渐进比对多个序列。 多序列比对的意义 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个分子家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。 用于描述一组同源序列之间的亲缘关系的远近，应用到进化分析中 其他应用，如构建profile，打分矩阵等。 数据的输入 1.输入输出格式。 ---输入序列的格式比较灵活，可以是FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 ---输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。 2.注意： ---需要比对的多条序列可以保存在一个TXT文件中，选择load载入；也可以分别保存，选择append分条载入（此情况下选择load载入会自动覆盖前一序列）。 ---文件中每条序列必须以“”号和注释开头，序列部分则另起一行，其中注释部分就是软件操作过程中序列的标识。 ---clustal软件及相关的序列文件要保存在纯英文文件夹下，否则无法载入序列。 实例操作： Step1 clustalx的下载 Step2 执行完全序列比对 Step3 输出aln和dnd文件 Step4 treeview软件制作进化树 Step1 clustalx的下载 Step2-执行序列比对 实行序列比对操作 执行序列比对命令后的界面 EMBL-EBI? Help Tools ?Clustal?Omega?FAQ 可以选择输出任意几条序列的比对打分并保存。文件形式如左图所示，默认保存在clustal所在文件夹下。 打开此文件后选择写字板显示如左图。其中五条序列相应位置上残基的比对得分在右侧显示，当五个残基完全一致时，分值为100分；当有不同残基时，根据选择的矩阵打分方式，不同的残基种类和不同的个数，其得分也不尽相同。 Step3-输出aln和dnd文件 Clustalx的输出结果 .aln格式文件 这个文件是默认输出，可以转换成各种格式，而且很多软件都支持这种格式。 .dnd格式文件 引导树。就是根据两两序列相似值构建的一个指导后面多重联配的启发树 不能做进化分析。进化分析要考虑的所有同源位点的一个综合效应，因此应该用.aln格式文件专门做进化分析。 输 出 Aln文件 dnd文件 写字板打开 Treeview软件打开 DO complete alighment 后弹窗 点击browse可以自行 选择文件存放位置 不选择的话自动保存在此文件夹下