第三章生物信息数据库-检索及其应用3.ppt

关键词 解 释 关键词 解 释 misc_structure 无法用结构关键词描述的核酸序列高级结构或构型 stem_loop 发夹结构 D_loop 线粒体中DNA中的取代环 GenBank记录中特性表中的限定词: 限定词 含 义 限定词 含 义 /allele= 给定基因的等位基因 /codon_start= 相对于序列第一个碱基，编码序列密码子的偏移量 /bound_moiety= 嵌合范围 /country= DNA样本的来源国 /cell_type= 获得序列的细胞类型 /db_xref= 其他数据库信息的交叉索引号 /citation= 已被引用的参考文献数 /direction= DNA复制方向 /clone_lib= 获得序列的克隆文库 /environmental_sample= 序列直接从环境材料中获得而没有指明来源物种 限定词 含 义 限定词 含 义 /exception= 指明DNA序列未按通常的生物学规律翻译，如RNA编辑 /PCR_conditi-ons= 描述PCR的反应条件 /frequency= 在种群中发生变异的频率 /pop_variant= 获得序列的群体变异种名称 /germline 如果序列是DNA并来源于免疫球蛋白家族，则表示该序列来源于未重排DNA /product= 序列编码产物的名称 /insertion_seq= 序列来源于某种插入元件 /anticodon= tRNA反义密码子的位置及它所编码的氨基酸 /isolate= 序列来源的生物个体 /cell_line= 获得序列的细胞系 /lab_host= 为扩增序列来源物种所用的实验室宿主 /chromosome= 获得序列的染色体 /macronuclear 指明DNA来源于染色体分化的大核期 /clone= 获得序列的克隆子 /note= 评论及附加信息 /codon= 指出与参考密码子不同的密码子 /organelle= 获得序列的细胞器 /EC_number= 序列产物的酶学编号 限定词 含 义 限定词 含 义 /cons_splice= 区分内含子剪切位点和“5‘-GT.AG-3”剪切位点 /map= 相关特性在基因图谱上的位置 /cultivar= 所获序列植物的栽培变种 /mod_base= 被修饰碱基的简写 /dev_stage= 序列来源于某种生物的特定发育阶段 /number= 从5’→3’注明遗传元件的顺序 /evidence= 序列特性来源于实验还是推理 /organism= 提供测序用遗传物质的物种的科学名称 /focus 指出在记录中的来源特性在其他物种中还有不同的来源特性 /phenotype= 序列特性所导致的表型 /function= 序列所代表的功能 /plasmid= 获得序列的质粒名称 /haplotype= 序列来源于某种物种的单倍体 /protein_id= 蛋白质的检索号 /isolation_sou-rce= 描述序列来源物种的生理、环境和地理信息 /proviral 整合在基因组中的前病毒 /label= 序列特性的俗名 /rearranged 如果序列是DNA并来源于免疫球蛋白家族，则表示该序列来源于重排DNA 限定词 含 义 限定词 含 义 /rpt_family= 重复序列 /transposon= 转座子 /rpt_unit= 指明重复区域的重复元件构成 /variety= 获得序列的生物变种 /serotype= 同一物种的不同血清学特征 /pseudo 假基因 /sex= 获得序列的物种性别 /replace= 表明特性间的间隔序列已被替换 /specimen_vou-cher= 指明来源物种保存于什么地方 /rpt_type= 重复序列的组织方式 /strain= 获得序列的菌珠 /sequenced_m-ol= 获得序列的分子类型 /sub_species= 获得序列的来源物种的亚种 /serovar= 同一原核生物的血清学特征 /tissue_lib= 获得序列组织库 /specific_host= 获得序列的天然宿主 /transgenic 指明物种的来源特性是否是转基因受体 /standard-name= 特性的通用名称 /transl_except= 标明序列中未按指定密码子表翻译的氨基酸的位置 /sub_clone= 获得序列的亚克隆 限定词 含 义 限定词 含 义 /sub_strain= 获得序列的来源微生物亚种 /tissue_type= 获得序列组织类型 /translation= 按通用或指定的密码子表翻译的氨基酸序列 /transl_table= 描述在翻译中与通用密码表不同的密码表 /usedin= 表明该特性