Diamond做图课件.ppt

Diamond 做图 Diamond简介 化学软件Diamond是由德国波恩大学Crystal Impace BbR公司开发研制的一个主要用于绘制和探索晶体结构的专业应用软件。经历了 1.0 2.0 3.0 等几代产品。目前 3.2h。 该软件是构建和编辑晶体结构的专业软件，在晶体方面具有许多其他软件所无法比拟的特殊功能。 构建晶体模型步骤 确定构建哪个晶体的模型 收集资料（查找晶体的晶胞参数和原子的坐标参数） 在Diamond软件中建模。 修改美化标注 创建NaCl晶体结构 首先在相关资料中查到NaCl晶体的结构参数 空间群及晶系 Fm-3m(225) 晶胞参数 a=5.6402 ? 原子坐标参数 Na+1 (0,0,0);Cl-1(1/2,1/2,1/2) 在Diamond软件的欢迎界面，选择“Creat a new document 或选择工具栏中的File?New命令。 在弹出对话框中有三种选择形式：创建一个空白文档、输入结构参数创建文档和从已有文件中采用相关数据创建文件。我们选择第二种类型。 输入晶胞中原子的坐标参数（在原子符号后最好写上该原子的价态，如Na为+1，Cl为-1） 以上步骤按系统默认进行 对晶体的展示方式进行设置，因为只需展示一个NaCl晶胞结构，所以在“晶胞占据范围”一栏中选中“Unit cell”，x、y、z可取默认值。 因为只需创建一个简单的NaCl晶胞结构，所以只需将“Creat cell edge”（建立晶胞边框）和“Connect atoms”（链接原子）选中即可。 例2 创建SiO2的晶体结构 1）在相关工具书中查得SiO2的晶体结构参数： 空间群及晶系 P3121（152）三方晶系 晶胞参数 a=4.535 ? c=5.17 ? 原子坐标参数 Si+4（0.4487，0，0.3333） O-2（0.367,0.2952,0.2427） 对原子显示形式和场景颜色进行设置。在创建原子类型时可设置范围为“2*2*2cell”类型。 为突出石英晶体的规则外形，可以以Si为中心原子创建多面体结构 晶体结构的展示与美化 原子名称 原子价态 空间群 晶体模型的展示形式 在晶体背景的任意空白处单击鼠标右键，选Model 一栏。若点击 Model and Radi..，弹出对话框也可以改变原子显示形式。 或Picture菜单 Model and Radi.. 或下方工具栏 例 对刚创建的SiO2晶体结构分组显示 用鼠标框住几个多面体结构的原子使用菜单栏中的 Picture ? Model and Radii..命令，在弹出对话框选 “Space-filling”model。 另外用鼠标选中一组原子，由于已是多面体形式，要改为其他模式（球棍、椭球、线型），则先要消除这些多面体形式：选择菜单中的 Build/Destroy/Polyhedra命令，则这些原子恢复到标准型。此时，再做Model and Radii..对话框中选其他模式。 测量 键长 键角 扭矩 和两个面之间的夹角。 对原子和键进行编辑 选中，单击右键…… 对晶体结构添加文字和标注 在工作场景中任意选中一对象，然后单击右键，在Add栏中选Text…… 为晶体添加多面体结构 例 为NaCl晶胞添加多面体结构。 选中任意一个Na原子。 选 Build?Polyhedra/Add Polyhedra..命令。 录制动画 渲染晶体结构图 1.为原子设置特殊材质 选picture –Model and Radii确定晶体表现形式按F9调整结构在场景中的位置 选picture-atom design—Material 选 use –pre defined pov-ray material 2 为晶体结构设置背景 首先选 picture/Representation 命令选Projection中的central 选Tools下的 POV-Ray命令，选Global Setting 图像预览：Tools-POV-Ray，Preview 输出 Render into Bitmap 在Diamond中观看分子结构 在Diamond软件中，不仅可以构建晶体，还可以以最优化的形式展示分子结构。 观察Diamond软件自带的 pyrene.cif文件所代表的晶体 （Tutorial目录下） 打开文件后，一路点下一步直到上面步骤在 If the dataset is a crystal 后面选 Launch the Picture Creation Assistant. 上面创建结构步骤，选择创建分子。 去掉 Creat cell e