Gauss画图技巧课件.ppt

GaussView 画图技巧：九个基本高级技巧 1. 三个变形工具 例1.1构造乙烷的重叠式构象（思路很简单，只需将其中一个甲基相对于另一个甲基绕C-C 键旋60即可，将二面角从180 度设为120 度，就可以将右边的甲基旋转60 度，从而得到乙烷的重叠式构象。） 2. 利用加氢工具获得最佳成键位置 选择菜单 Edit Point Group...即弹出上图的点群工具对话框，选定适当的容差值（tolarence）即可将分子进行对称化，使分子具有某种点群对称性。点击“Symmetrize”按钮后，分子就已经具有相应点群对称性了。如果再选择“Constrain to subgroup”中的某个点群，则笛卡尔坐标轴的定向将按照分子的对称轴进行选取，如下图所示。 如果再选中下方的“Always track point group symmetry”选项，则后面当我们利用变形工具改变某个几何参数（键长或键角或二面角）时或者删除工具删除某个原子时，分子将按照对称性的要求自动改变其他对称相关的几何参数（键长或键角或二面角）或删除其他对称相关的原子。 例子3.1：构造出环戊二烯，用删除工具删除CH2的两个氢原子。再用加氢工具加一个氢原子即可得到正确取向的氢，用点群工具将 该结构对称化为D5h点群（容差值为0.3），同时选中“Always track point group symmetry”。这样用键长工具将任一个C-C 键长设1.44?，键型设为“共轭双键”，则其余四个C-C 键都拥有同等键长和键型。同时具有D5h 点群对称性的环戊烯分子中心就是坐标原点 4. 显示坐标轴 点击右键菜单可以选择显示笛卡尔坐标轴。显示坐标轴可以更准确地添加原子或虚原子。 例子4.1：接上例，添加一个笛卡尔坐标轴 5. 添加虚原子（构建晶体结构） 点击上面图标“Atom List Editor”，点击symbol选择一个任意重复的原子为虚原子。 6. 删除虚原子 例6.1：接上例添加虚原子 在“Cell”选项卡中设定晶格长度（a、b 和c 的大小）。再在“View”选项卡中选择该晶轴方向复制的数目，最后点“Combine”按钮既可。完成后可以将PBC 对话框Symmetry 选项卡的“Lattice Dimension”一项设为“None”，即可取消周期性条件。 例7.1，接上例构建三维的晶体结构 8 复制和粘贴工具进行分子的复制和粘贴 9. 平移分子，旋转分子 用快捷键Alt+Shift即可平移。用Ctrl+Alt即可旋转分子。 几何优化 一，几个概念 1.1 密度泛函（DFT） 密度泛函(Density Functional Methods)密度泛函是最近几年兴起的第三类电子结构理论方法。它采用泛函(以函数为变量的函数)对薛定鄂方程进行求解，由于密度泛函包涵了电子相关，它的计算结果要比 HF（Hartree-Fock 方） 方法好，计算速度也快。 1.2 化学模型(Model Chemistries) ?Gaussian包含多种化学模型,比如 ??计算方法 ??Gaussian关键词 方法 ??HF Hartree-Fock自恰场模型 ??B3LYP Becke型3参数密度泛函模型,采用Lee-Yang-Parr泛函 ??MP2 二级Moller-Plesset微扰理论 ??MP4 四级Moller-Plesset微扰理论 ??QCISD(T) 二次CI ?* 在B3LYP水平上进行的计算结果,在几何优化上有明显的优势. ??这些结论显示, ??* 如果可能,使用B3LYP/6-31G(d)进行几何构型和零点能计算,使用B3LYP（函数）的最大基组进行能量计算 。 1.3基组 基组是分子轨道的数学表达。其中一种为分裂基组 。最精确的方法是B3LYP/6-311+G(3df,2df,2p)和B3LYP/6-31G(d),注意其表示?用后一种方法优化结构,用前一种方法计算能量及性质.这不是最昂贵的计算方法. 1.4 弥散函数(Diffuse Functions) ?? 6-31+G(d)基组表示的是6-31G(d)基组在重原子上加上弥散基组,6-31G++(d)基组表示对于氢原子也加上弥散函数.这两者一般在精度上没有大的差别. 1.5分子结构 首先是电荷和自旋多重度，电荷就是分子体系的电荷了，没有就是0，自旋多重度就是2S+1，其中S 是体系的总自旋量子数，其实用单电子数加 1 就是了。没有单电子，自旋多重度就是1. 1.6分子几何构型 一般可以用迪卡尔坐标，也