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ImageJ的入门使用 http://fiji.sc/Welcome /ij/ Fiji Is Just ImageJ Image J 是什么？ ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由美国国立卫生研究院开发的。可运行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多种平台。 Image J的功能有哪些 1、ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片， 支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。 2、ImageJ支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像， 并行处理。只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。 3、除了基本的图像操作， 比如缩放，旋转， 扭曲， 平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计， 灰度值或光密度值的计算，间距，角度计算， 能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换，两种蛋白共定位的程度等等 文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助 菜单栏 工具栏 状态栏 恢复（Revert）：恢复到上次保存后的状态 取消：恢复到前一步，不过只能回退一步 图像的翻转 图像的缩放 四种区域选择工具 选择之后，这些区域可以进行改变，分析，拷贝等。 直线选择工具 可以画直线、分段或任意形状的线（右键选择线的类型），双击该按钮可以改变直线的宽度。选择分析测量Analyse →Measure(or Ctrl+M) 可以记录线的长度，使用Edit →Draw (or Ctrl+D)可以使直线永久保留 角度工具 点工具 点击角度按钮后可以画相交的直线可以测量形成的角度，在状态栏可显示，选择分析测量Analyse?→Measure(or?Ctrl+M)，在结果窗口中显示角度 当自动测量（Auto-Measure）开启（默认是开启状态）时，可以在状态栏显示图标所在位置的坐标和亮度 魔棒 魔棒工具和photoshop里的类似，可以自动发现目标的边界并勾勒出形状。当图像明暗对比明显时尤为有用。有时可配合阈值(Thresholding)使用。 文字 双击文字按钮可以选择字体并永久保留文本和大小。单击按钮并按住左键拖出文本框，可以键入需要的文字，文字颜色使用颜色吸管来选择。 放大镜 拖手 颜色吸管 动作宏 菜单宏 绘图工具 条带灰度值分析（可用于DNA电泳或western blotting条带的分析） 1、打开图片， 转化为8-bit灰度图 Image→Type→8bit 2、消除背景 Process→Substrate background 选中预览（Preview），选择合适的像素值（本例为30） 3、方框工具选择并画出条带1，Analyze→Gels→Select First Lane (快捷键Ctrl+1或数字1) 4、在第一个边框边缘左键拖动移至第二条带，Analyze→Gels→Select?Next?Lane?(或Ctrl+2)，重复该步骤，（快捷键一直都是Ctrl+2?或数字2） 所有边框选择完毕后，Analyze→Gels→Plot?Lanes? (快捷键Ctrl+3或3)。 提示：Ctrl+3不能多次按， 可改为?Analyse?→Gels? →Re?plot?Lanes Plot?Lanes?后将出现条带的灰度曲线图，通过条带所在位置的曲线围成的面积得出其灰度或密度值 首先通过直线工具将峰值部分封闭，如箭头处所示。（也可添加垂直方向的线） 选择魔棒工具，选中封闭区域，即可显示其面积，也就是对应条带的辉度值（图中2峰得出的值分别为6166.598和2995.477，所代表的条带被窗口挡住了。） 测量小鱼面积 （图中黑色金鱼，标尺为原图片自带，正规应该放测量工具实物） 1、转化为8-bit灰度图 Image→Type→8bit 2、直线工具在已知长度地方画出直线（黄线所示）进入 Analyze →Set Scale ,在设置标尺（Set scale）窗口里会显示直线的像素长度，键入实际中的长度以及单位。这样就会在像素和实际长度间建立联系。选择 global， 表示其它图片也将应用该标尺 3、设置阈值 Image →Adjust →Threshold 4、Analyze →Analyze Particles, 键入微粒大小的下限（为5）和上限，并且选择显示轮廓（Show outlines）和显示结果(Display Results)。点击ok 5、结果，由于下限选择了5平方厘米，所以只有大金鱼的面积被测量。（右上角的小金鱼由于颜色较浅，面积显示比较小，不到5） Color Merg