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第八章系统生物学Systems Biology 马飞 定义 (Definition) 学科背景 (Background) 内容体系和研究方法 (Contents Methods) 学术组织 、会议和刊物 (Research Community) 主要参考资料 (References) 系统生物学与分子生物学 分子生物学 与 系统生物学 分子生物学 与 系统生物学 系统生物学方法 质谱技术 肽质量指纹谱(Peptide Mass Finger-print，PMF)鉴定蛋白质是目前蛋白质组研究中较常用的鉴定方法。 测定肽混合物质量谱最有效的质谱仪是MALDI-TOF-MS。 基体辅助激光解吸（MALDI）在原理上利用激光束照射分散于基质中的样品，由于这些基质能够强烈吸收激光，从而保护了样品分子。 MALDI可离子化蛋白而又不破坏蛋白。 MALDI 与 TOF MS 的连用可以测定大分子如蛋白质的分子量，该技术精度高、分析时间短，可同时处理许多样品，是高通量鉴定的首选方法。 是生物学 是数据整合 是建模仿真 是系统科学 自上而下 (Top-down，以Hood为代表) 自下而上 (Bottom-up，以Kitano为代表) 整合 (Integration) 扰动法 (Perturbation) 生命科学 信息科学 系统科学 生物学 物理学 化学 工程学 数学 计算科学 实验技术 （Wet Part） 信息技术 （Dry Part） ICSB: International Conference on Systems Biology 11th, Edingburgh, UK, October 10-15, 2010 .uk WCSB: International Workshop on Computational Systems Biology, 7th. (Luxembourg, June 16-18, 2010) ICCSB: International Conference on Computational and Systems Biology, 2011 (Manila, Philippines, March 29-31, 2011) Molecular Systems Biology PLoS Computational Biology Bioinformatics (SB section) BMC Systems Biology BMC Bioinformatics Journal of Theoretical Biology Journal of Computational Biology in silico Biology Biosystems Molecular Biosystems Biophysical Journal IET Systems Biology Nature Science Cell PNAS…. 中文参考书 《系统生物学的理论、方法和应用》 [德] 柯利普 等著；贺福初 等译，复旦大学出版社，2007。 《系统生物学基础》 [日] 北野宏明 编；刘笔锋，周艳红等译，化学工业出版社，2007。 《系统生物学：哲学基础》 [荷] 布杰德 等编著；孙之荣等译，科学出版社，2008。 《系统生物学》，张自立，王振英 编著，科学出版社，2009。 《系统生物学导论：生物回路的设计原理》尤. 阿隆 著，王翼飞 等译， 化学工业出版社，2010。 《合成生物学》，宋凯，科学出版社，2010。 English Books Klipp E. etc. Systems Biology: A Textbook, Wiley-VCH, 2009 Alberghina L. Westerhoff H.V. (Eds.) Systems Biology: Definitions and Perspectives (Topics in Current Genetics), Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2005. Palsson B.O. Systems Biology: Properties of Reconstructed Networks, Cambridge University Press, 2006. Konopka A.K. Systems Biology: Principles, Methods, and Concepts, CRC Press, 2006. Kriete A. Eils R. (Eds.) Computational Systems B