结构生物信息学6-三级结构预测.ppt

* * 需要考虑的相互作用：疏水作用、氢键、二硫桥、静电作用、范德华力、溶剂作用 构象空间有哪些信誉好的足球投注网站和势函数的建立是从头预测方法的关键 * * 当前版本9.11， 有不同系统下的版本 * * * * .ali 文件，命令行 .log output 文件，包括错误 * 2,11(%),12(e-vaule) * 2,11(%),12(e-vaule) * * .ali 文件，命令行 .log output 文件，包括错误 * 2,11(%),12(e-vaule) * * .ali 文件，命令行 .log output 文件，包括错误 * 2,11(%),12(e-vaule) * * .ali 文件，命令行 .log output 文件，包括错误 * 2,11(%),12(e-vaule) * * .ali 文件，命令行 .log output 文件，包括错误 * 2,11(%),12(e-vaule) * * * 同源建模适用于目标序列具有明显的同源（homologues）已知三维结构的情况。这类目标序列被称为同源建模目标。同源建模通过比较目标序列与其所有的同源序列的多序列比对（multiple alignment）识别出保守片段，从一个已知结构中复制出这些保守片段的坐标，最后通过能量最小化技术优化最终的三维结构。 * 串线结构分析是试图把未知的氨基酸序列和各种已存在的三维结构相匹配，并评估序列折叠成那种结构的合适度。串线法最适用于折叠（fold）的识别，而不是模型的建立。它是快速用未知序列的氨基酸侧链替换已知序列中的氨基酸位置。Jones等首先从蛋白质结构数据库中挑选蛋白质结构建立折叠子数据库，以折叠子数据库中的折叠结构作为模板，将目标序列与这些模板一一匹配，通过计算打分函数值判断匹配程度，根据打分值给模板结构排序，其中打分最高的被认为是目标序列最可能采取的折叠结构。Threading 方法的难点在于序列与折叠结构的匹配技术和打分函数的确定 * 拉马钱德兰图：Ramachandran Plot 是一种描述蛋白质或肽立体结构中肽键内α碳原子和羰基碳原子间的键的旋转度对α碳原子和氮原拉链式带子间的键的旋转度所绘制的图，这种图以范德华(van der Waals)接触距离和肽键键角为基础而绘出。主要用来指明蛋白质或肽类允许和不允许的构象。 * * * * * * * * * * 如：序列与结构的比对； 生物的一些理化性质等等 * 如：序列与结构的比对； 生物的一些理化性质等等 * 将参考蛋白先进行结构比对，并生成相应的多重序列比对?? 用多重序列比对的方法，将目标蛋白的序列和参考蛋白的序列进行比对 * 确认出双硫键cystein 的位置 * 核心部份分子骨干氨基酸的更换只会改变二级结构元素的相对位置和取向，而不致于破坏这些结构元素或三级折迭的一般特性，而且在这个区域要做的氨基酸插入或删除的机会很小 氨基酸修改应逐步进行 插入或更换氨基酸要考虑支链部分的结构 * 氨基酸修改应逐步进行 插入或更换氨基酸要考虑支链部分的结构 * 侧链结构库中的构象进行选取组合时会产生组合爆炸； 以全局能量最低为标准，能及时发现组合中的死点，除去一些不可能的侧链构象，从而大大减少组合数目 * 为了考虑邻近支链部份的影响，需将所有支链同时处理。为保证得到适当的低能量分子构形，可用模拟退火法， 实际上，数据库搜寻和能量计算方法是合并使用的。先由数据库提供近似的结构再以能量最小化或分子运动方法做调整。在搜寻的过程中也可加人能量的计算以增加搜寻的效率。 * 数据库现存的数据可能无法适当代表可用的分子构形空间 * 数据库现存的数据可能无法适当代表可用的分子构形空间 * 数据库现存的数据可能无法适当代表可用的分子构形空间 * * 一般而言需要反复几次的预测和校正检验的程序，最后才得到可靠的分子模型 * * * 两个从不同进化源点出发的蛋白质，由于趋同进化的作用，可能会折叠成相似的空间结构。因此，为了发现具有相似结构的蛋白质，需要在结构水平上比较蛋白质。 对于这类蛋白质，很难通过序列比对找出它们之间的关系，同源建模方法不适用 * * 它是快速用未知序列的氨基酸侧链替换已知序列中的氨基酸位置。Jones等首先从蛋白质结构数据库中挑选蛋白质结构建立折叠子数据库，以折叠子数据库中的折叠结构作为模板，将目标序列与这些模板一一匹配，通过计算打分函数值判断匹配程度，根据打分值给模板结构排序，其中打分最高的被认为是目标序列最可能采取的折叠结构。 Threading 方法的难点在于序列与折叠结构的匹配技术和打分函数的确定 * * 蛋白质同源建模 -- Modeller 预测算法 build_profile.prf 蛋白质同源建模 -- Modeller 预测算法 bu