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肿瘤生物医学信息整合-2
肿瘤生物信息学平台和基因组数据库调研
1. UCSC基因组数据库 /
UCSC开发的基因组浏览器可视化界面
整合包括SNP
染色体
序号
位置
数据类型
SNP位点详细信息:
样本量
相关疾病(疟疾)
功能
NCBI数据库信息
1. UCSC基因组数据库 /
全球各地的第三方镜像
1. COSMIC体细胞癌症基因组数据库 /
方便的查询界面:
只需查询部位(肺癌)
组织区域
肿瘤类型
开始查询即可
可提供所选类型疾病的基因分析报告:
最主要的所选肿瘤驱动基因
染色体变异、基因的甲基化情况、拷贝数编译情况也
2. CBioPortal癌症基因组数据库
/
2. CBioPortal癌症基因组数据库
/
基因名称 蛋白质变异 注释 突变类型 等位基因频率 表达水平
(无义)
关键的突变基因
相关的病理切片
患者信息
病理切片查看、缩放
2. CBioPortal癌症基因组数据库
/
患者用药情况
患者基因突变情况
患者临床信息
2. 癌症基因组分析项目 /
提供基因、染色体、组织、代谢途径、RNA干扰等多个数据库连通
查询和调用多链接至NCBI等现有数据库
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