肿瘤生物医学信息整合-2.pptx

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肿瘤生物医学信息整合-2

肿瘤生物信息学平台和基因组数据库调研 1. UCSC基因组数据库 / UCSC开发的基因组浏览器可视化界面 整合包括SNP 染色体 序号 位置 数据类型 SNP位点详细信息: 样本量 相关疾病(疟疾) 功能 NCBI数据库信息 1. UCSC基因组数据库 / 全球各地的第三方镜像 1. COSMIC体细胞癌症基因组数据库 / 方便的查询界面: 只需查询部位(肺癌) 组织区域 肿瘤类型 开始查询即可 可提供所选类型疾病的基因分析报告: 最主要的所选肿瘤驱动基因 染色体变异、基因的甲基化情况、拷贝数编译情况也 2. CBioPortal癌症基因组数据库 / 2. CBioPortal癌症基因组数据库 / 基因名称 蛋白质变异 注释 突变类型 等位基因频率 表达水平 (无义) 关键的突变基因 相关的病理切片 患者信息 病理切片查看、缩放 2. CBioPortal癌症基因组数据库 / 患者用药情况 患者基因突变情况 患者临床信息 2. 癌症基因组分析项目 / 提供基因、染色体、组织、代谢途径、RNA干扰等多个数据库连通 查询和调用多链接至NCBI等现有数据库

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